{"id":1268,"date":"2015-11-26T19:37:07","date_gmt":"2015-11-26T17:37:07","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/?page_id=1268"},"modified":"2024-09-17T09:14:04","modified_gmt":"2024-09-17T07:14:04","slug":"prediccion-computacional-de-islas-cpg","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/prediccion-computacional-de-islas-cpg\/","title":{"rendered":"Predicci\u00f3n computacional de islas CpG"},"content":{"rendered":"<p>En esta actividad se proporcionar\u00e1n a los alumnos las herramientas necesarias para anotar secuencias de ADN con predicciones de islas CpG. Adem\u00e1s,&nbsp;se profundizar\u00e1 en la comprensi\u00f3n&nbsp;de los algoritmos de predicci\u00f3n vistos en la parte te\u00f3rica y se seguir\u00e1 perfeccionando el manejo del &#8216;UCSC Genome Browser&#8217; (generando a partir de las predicciones obtenidas ficheros compatibles con el buscador, para finalmente visualizar los resultados junto con las anotaciones incluidas en su base de datos).<\/p>\n<hr>\n<p><strong>Actividades propuestas:<\/strong><\/p>\n<p>Regi\u00f3n de inter\u00e9s: chr1:958,000-968,000 (Ensamblado hg38), dicha regi\u00f3n puede obtener mediante la herramienta <em>View &#8211;&gt; DNA<\/em> del buscador de UCSC.<\/p>\n<p><strong>M\u00e9todos de ventana<\/strong>&nbsp;(<a href=\"http:\/\/emboss.bioinformatics.nl\/cgi-bin\/emboss\/cpgplot\">CpGplot<\/a>)<\/p>\n<ol>\n<li>Predice las islas CpG presentes en la secuencia de ejemplo utilizando los par\u00e1metros definidos por Gardiner-Garden &amp; Frommer 1987 (length \u2265 200 bp, Obs<sub>CpG<\/sub>\/Exp<sub>CpG<\/sub>&nbsp;\u2265 0.6, and %GC \u2265 50%).<\/li>\n<li>Predice las islas CpG presentes en la secuencia de ejemplo utilizando los par\u00e1metros definidos por Takai &amp; Jones 2002 (length \u2265 500 bp, Obs<sub>CpG<\/sub>\/Exp<sub>CpG<\/sub>&nbsp;\u2265 0.65, and %GC \u2265 55%).<\/li>\n<\/ol>\n<p><strong>M\u00e9todos de adici\u00f3n<\/strong> (<a href=\"http:\/\/emboss.bioinformatics.nl\/cgi-bin\/emboss\/cpgreport\">CpGreport<\/a>)<\/p>\n<ol>\n<li>Calcula los &#8216;scores&#8217; asignados por CpGreport a la secuencia de ejemplo.<\/li>\n<li>Abre el resultado en una hoja de c\u00e1lculo y selecciona las regiones que cumplan los criterios establecidos por Gardiner-Garden &amp; Frommer.<\/li>\n<\/ol>\n<p><strong>M\u00e9todos de clustering<\/strong> (<a href=\"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/CpGislandDB\/\">CpGcluster<\/a>)<\/p>\n<ol>\n<li>Identifica las islas predichas por CpGcluster.<\/li>\n<\/ol>\n<p><strong>Comparativa<\/strong><\/p>\n<ul>\n<li>Genera un fichero (BED) con las predicciones de los m\u00e9todos de ventana y de adici\u00f3n, y comp\u00e1ralas con las predicciones de CpGcluster en el \u201cUCSC Genome Browser\u201d. Podemos subir diferentes ficheros con nuestras anotaciones propias al buscador de la UCSC, para ello deberemos generar las anotaciones en un fichero de texto con el formato definido y mediante la herramienta <em>My Data -&gt; Custom Tracks -&gt; Add custom tracks<\/em> podremos ir a\u00f1adi\u00e9ndolas una a una. Nota: si queremos representar m\u00faltiples pistas de manera simult\u00e1nea deberemos incluir el cabecero de los <a href=\"https:\/\/genome.ucsc.edu\/FAQ\/FAQformat#format1\">ficheros BED<\/a>.<\/li>\n<li>Observa qu\u00e9 anotaciones se asocian a las islas CpG predichas (metilaci\u00f3n de ADN, modificaciones de histonas y otros elementos reguladores).<\/li>\n<\/ul>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>En esta actividad se proporcionar\u00e1n a los alumnos las herramientas necesarias para anotar secuencias de ADN con predicciones de islas CpG. Adem\u00e1s,&nbsp;se profundizar\u00e1 en la comprensi\u00f3n&nbsp;de los algoritmos de predicci\u00f3n vistos en la parte te\u00f3rica y se seguir\u00e1 perfeccionando el manejo del [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1268"}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1268"}],"version-history":[{"count":10,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1268\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":2206,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1268\/revisions\/2206"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1268"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}