{"id":1306,"date":"2015-12-01T18:31:50","date_gmt":"2015-12-01T16:31:50","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/?page_id=1306"},"modified":"2017-10-24T10:43:45","modified_gmt":"2017-10-24T08:43:45","slug":"analisis-de-metilomas","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/analisis-de-metilomas\/","title":{"rendered":"An\u00e1lisis de metilomas"},"content":{"rendered":"<p>En esta actividad, adem\u00e1s de aprender las bases del paquete de R &#8220;methylKit&#8221; (paquete orientado al an\u00e1lisis de metilomas obtenidos mediante secuenciaci\u00f3n masiva con tratamiento de bisulfito), se utilizar\u00e1n y explicar\u00e1n las bases de algunas herramientas muy \u00fatiles para el an\u00e1lisis de elementos gen\u00f3micos proporcionadas por el &#8220;UCSC Genome Browser&#8221;.<\/p>\n<hr \/>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p><strong>Actividades propuestas:<\/strong><\/p>\n<p><a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/DocenciaMeth\/ReducedMethSet.tar.gz\">Ficheros SAM de prueba<\/a><\/p>\n<p><a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/DocenciaMeth\/Ubuntu.ova\">M\u00e1quina virtual<\/a><\/p>\n<ol>\n<li>Descomprimir la carpeta en la l\u00ednea de comandos: &#8220;<em>tar -xvzf ReducedMethSet.tar.gz<\/em>&#8220;<\/li>\n<li>Abrir el paquete estad\u00edstico R<\/li>\n<li>Fichero de guiones con c\u00f3digo de R de ejemplo: <a href=\"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/DocenciaMeth\/MethylKit\">MethylKit Examples<\/a><\/li>\n<\/ol>\n<p>Durante el an\u00e1lisis de los datos de metilaci\u00f3n, adem\u00e1s del manejo del paquete <em>methylKit<\/em>: se subir\u00e1n pistas y\u00a0se descargar\u00e1n anotaciones de la base de datos del &#8220;<em>UCSC Genome Browser<\/em>&#8220;,\u00a0y en caso de ser necesario tambi\u00e9n se utilizar\u00e1 &#8220;<em>liftover<\/em>&#8220;.<\/p>\n<p><strong>Cuestiones a resolver:<\/strong><\/p>\n<p>\u00bfQu\u00e9 es un metiloma?<br \/>\n\u00bfC\u00f3mo se agrupan los metilomas, por individuos o por tejidos?<br \/>\n\u00bfEntre qu\u00e9 valores oscila la metilaci\u00f3n en una citosina\u00a0estimada mediante HTS con tratamiento con bisulfito? \u00bfA qu\u00e9 se debe?<br \/>\n\u00bfQu\u00e9 se conocen como DMCs?<br \/>\n\u00bfCon qu\u00e9 elementos gen\u00e9ticos suelen asociarse?<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>En esta actividad, adem\u00e1s de aprender las bases del paquete de R &#8220;methylKit&#8221; (paquete orientado al an\u00e1lisis de metilomas obtenidos mediante secuenciaci\u00f3n masiva con tratamiento de bisulfito), se utilizar\u00e1n y explicar\u00e1n las bases de algunas herramientas muy \u00fatiles para el an\u00e1lisis de [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1306"}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1306"}],"version-history":[{"count":3,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1306\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":1448,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1306\/revisions\/1448"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1306"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}