{"id":1365,"date":"2015-12-13T11:24:42","date_gmt":"2015-12-13T09:24:42","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/?page_id=1365"},"modified":"2024-09-17T09:12:42","modified_gmt":"2024-09-17T07:12:42","slug":"workflows-1-programacion","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/workflows-1-programacion\/","title":{"rendered":"Workflows 1: Programaci\u00f3n"},"content":{"rendered":"

Workflows o pipelines<\/h3>\n
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Las ‘historias’ en Galaxy<\/h3>\n
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En Galaxy todos los datos y an\u00e1lisis residen en \u2018Historias\u2019 como esta:<\/p>\n

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Las historias pueden ser muy largas y se pueden tener tantas historias como sea necesario. Las historias se pueden controlar con los iconos situados en la parte superior derecha del panel de historias. Incluyen crear una nueva, cambiar de historia, compartirla…<\/p>\n

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Muchas de las opciones son autoexplicativas. Si se crea una nueva historia, la historia actual no desaparece. Para ver todas las historias pinche en “Historiales”<\/strong> en el men\u00fa Usuario<\/strong> situado en la barra superior de la ventana:<\/p>\n

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Conversi\u00f3n de historias en workflows<\/h3>\n

Una de las opciones del panel de historias es muy especial. Permite convertir las historias en flujos de trabajo o workflows. Ello permite repetir el an\u00e1lisis completo sobre otros datos con muy poco trabajo.<\/p>\n

Extracci\u00f3n de un workfklow<\/span><\/h4>\n

Obervemos nuestra historia de nuevo:<\/p>\n

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Esta historia contiene todas las etapas del an\u00e1lisis que hemos hecho hasta ahora, y tambi\u00e9n los par\u00e1metros que hemos utilizado para ello. Podemos convertir esta historia en un workflow para repetirlo tantas veces como queramos. Pinche en la rueda History options<\/b> –> Extract Workflow<\/b>.<\/p>\n

El panel central cambiar\u00e1 como se muestra abajo y podr\u00e1 elegir las etapas a incluir\/excluir y el nombre para el nuevo workflow:<\/p>\n

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C\u00e1mbiele el nombre, por ejemplo WF1. Cuando pinche en Create Workflow<\/b> obtendr\u00e1 el siguiente mensaje: \u201cWorkflow “WF1” created from current history\u201d. Si pincha en el enlace Workflow <\/b>(la segunda pesta\u00f1a situada en la parte de arriba de la interfaz de Galaxy) obtendr\u00e1 una lista de sus workflows:<\/p>\n

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Edici\u00f3n de workflows
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Pinchando en el tri\u00e1ngulo adyacente al nombre del workflow obtendr\u00e1 una lista de opciones:<\/p>\n

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Pinchando en Edit<\/b> se abrir\u00e1 el editor de workflows. Este editor le permitir\u00e1 examinar y cambiar las opciones de este workflow:<\/p>\n

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Al pinchar sobre cualquiera de los cuadros, se resaltar\u00e1 con un borde azul y podr\u00e1 ver los par\u00e1metros de esta herramienta en el panel derecho. Esta es la forma en que puede ver y cambiar las opciones de todas las herramientas de este workflow.<\/p>\n

Ocultaci\u00f3n\/activaci\u00f3n de las etapas intermedias<\/span><\/h4>\n

Cuando se ejecuta un workflow, se suele estar interesado en el resultado final y no en las etapas intermedias. Estas etapas se pueden mostrar\/ocultar pinchando con el rat\u00f3n sobre la caja junto al “ojo” en la esquina inferior izquierda de cada etapa.<\/p>\n

Renombre los inputs<\/span><\/h4>\n

Tanto los inputs como cada uno de los pasos del workflow pueden ser renombrados, simplemente renombrando el campo label en el men\u00fa de opciones de cada recuadro. En este caso renombraremos nuestros inputs para hacerlos m\u00e1s gen\u00e9ricos, el input exones lo renombraremos como “contenedores” y en input SNPs como “continentes”.<\/p>\n

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Guardar!<\/h4>\n

Una vez modificado seleccione Save Workflow<\/b> para guardar los cambios.<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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