{"id":1801,"date":"2023-09-29T18:25:04","date_gmt":"2023-09-29T16:25:04","guid":{"rendered":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/?page_id=1801"},"modified":"2024-09-17T17:17:45","modified_gmt":"2024-09-17T15:17:45","slug":"alineamiento-multiple","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/alineamiento-multiple\/","title":{"rendered":"Alineamiento m\u00faltiple"},"content":{"rendered":"<p>Los alineamientos m\u00faltiples son una valiosa herramienta para estudiar familias de prote\u00ednas y sus regiones conservadas. Sin embargo, existen m\u00faltiples m\u00e9todos que pueden arrojar resultados diferentes y en la medida de lo posible estos deben ser contrastados y evaluados con toda la informaci\u00f3n previa que se conozca.<\/p>\n<h2>Ejercicio<\/h2>\n<p>En la amplia familia de las globinas se conocen 3 amino\u00e1cidos altamente conservados debido a su implicaci\u00f3n en la estructura y la funcionalidad de dichas prote\u00ednas (regulando el enlace hemo), que son una fenilalanina y dos histidinas que se encuentran respectivamente en las posiciones 43, 64 y 93 de la beta-globina humana.<\/p>\n<ol>\n<li>Localiza en la base de datos del <a href=\"https:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/\">NCBI<\/a> las siguientes secuencias aminoac\u00eddicas: AAA16334.1, CAA25109.1, NP_067080.1, NP_001235928.1 y NP_001389049.1.<\/li>\n<li>Identifica su identidad mediante la informaci\u00f3n contenida en la base de datos.<\/li>\n<li>Descarga sus secuencias aminoac\u00eddicas y genera un fichero <a href=\"https:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/Formato_FASTA\">multifasta<\/a> con ellas.<\/li>\n<li>Realiza un alineamiento m\u00faltiple de las mismas mediante los programas: <a href=\"https:\/\/www.genome.jp\/tools-bin\/clustalw\">ClustalW<\/a>, <a href=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/msa\/muscle\/\">MUSCLE<\/a>, <a href=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/msa\/tcoffee\/\">T-Coffee<\/a> y <a href=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/msa\/clustalo\/\">ClustalO<\/a>.<\/li>\n<li>En funci\u00f3n de la informaci\u00f3n proporcionada eval\u00fae los resultados obtenidos por cada programa. \u00bfMejora ClustalO los resultados de ClustalW en este caso? \u00bfPodr\u00edamos determinar cu\u00e1l es el alineamiento m\u00e1s \u00f3ptimo?<\/li>\n<\/ol>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Los alineamientos m\u00faltiples son una valiosa herramienta para estudiar familias de prote\u00ednas y sus regiones conservadas. Sin embargo, existen m\u00faltiples m\u00e9todos que pueden arrojar resultados diferentes y en la medida de lo posible estos deben ser contrastados y evaluados con toda la [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1801"}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1801"}],"version-history":[{"count":3,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1801\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":1805,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1801\/revisions\/1805"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1801"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}