{"id":9,"date":"2013-05-29T20:28:21","date_gmt":"2013-05-29T18:28:21","guid":{"rendered":"http:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/?page_id=9"},"modified":"2024-09-16T17:48:51","modified_gmt":"2024-09-16T15:48:51","slug":"rastreo-de-bases-de-datos","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/rastreo-de-bases-de-datos\/","title":{"rendered":"Alineamiento local: Rastreo de bases de datos"},"content":{"rendered":"<p>Hemos visto c\u00f3mo buscar secuencias mediante palabras clave. Pero en Bioinform\u00e1tica es m\u00e1s frecuente tener como dato de partida una secuencia parcial sin anotar, es decir una secuencia an\u00f3nima.&nbsp; En este caso se hace necesario hacer un \u2018rastreo\u2019 de toda la base de datos de secuencias conocidas. Para ello es necesario alinear nuestra secuencia problema con todas y cada una de las secuencias que hay en la base de datos.&nbsp; Esto se consigue mediante los algoritmos de alineamiento local: <a href=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/Tools\/sss\/fasta\/\">FASTA<\/a> y <a href=\"https:\/\/blast.ncbi.nlm.nih.gov\/Blast.cgi\">BLAST<\/a>. Veamos como se usan estos programas.<\/p>\n<p><b> Secuencia an\u00f3nima de ADN:<\/b><\/p>\n<pre><span style=\"font-family: courier new,courier,monospace; font-size: 8pt;\">&gt;adn1\nGGAAAACTAA GACTCCTTCG CCTTCTGCAC CAGACAAGTG AGTATGGAGC CTGGTAGGAA\nTCAGCTGTTT GTTGTCATTT TACTAACAAG TGCTTGCTTA GTATATTGTA GCCAGTATGT\nGACTGTTTTC TATGGCATAC CCGCGTGGAA AAATGCATCT ATTCCCTTAT TTTGTGCAAC\nTAAAAATAGA GACACTTGGG GGACCATACA GTGCTTGCCA GACAATGATG ATTATCAGGA\nAATAATTTTA AATGTGACAG AGGCTTTTGA TGCATGGAAT AATACAGTGA CAGAACAAGC\nAGTAGAAGAT GTCTGGCATC TATTTGAGAC ATCAATAAAA CCATGTGTCA AGCTAACACC\nTCTATGTGTG GCAATGAATT GTAGCAGGGT TCAAGGGAAT ACCACGACCC CGAATCCCAG\nGACCTCGAGT TCCACAACCT CGAGACCACC CACATCCGCA GCCTCCATAA TAAATGAAAC\nTTCTAACTGC ATAGAAAACA ACACATGCGC AGGATTAGGG TATGAGGAGA TGATGCAATG\nTGAGTTCAAT ATGAAGGGGT TAGAACAAGA TAAGAAAAGG AGGTATAAGG ACACATGGTA\nTTTAGAAGAT GTGGTTTGTG ACAACACAAC AGCTGGCACA TGTTACATGA GACATTGCAA\nCACATCAATC ATCAAAGAGT CATGTGATAA GCACTATTGG GATGCTATGA GGTTTAGATA<\/span><\/pre>\n<p><b> Secuencia an\u00f3nima de prote\u00edna:<\/b><\/p>\n<pre><span style=\"font-family: courier new,courier,monospace; font-size: 8pt;\">&gt;prot1\nMEEDRNWIVV PTWRVPGRME KWHALVKYLK YRTKDLEEVR YVPHHKVGWA WWTCSRVIFP\nLQGKSHLEIQ AYWNLTPEKG WLSSHAVRLT WYTEKFWTDV TPDCADILIH STYFSCFTAG\nEVRRAIRGEK LLSCCNYPQA HKAQVPSLQY LALVVVQQND RPQ<\/span><\/pre>\n<h2>Ejercicios<\/h2>\n<ol>\n<li>Rastrea las bases de datos de nucle\u00f3tidos usando los algoritmos FASTAn y BLASTn para determinar la identidad de la secuencia problema adn1. \u00bfDe d\u00f3nde proviene la secuencia problema? \u00bfExisten diferencias en los resultados de ambos algoritmos?<\/li>\n<li>Rastrea las bases de datos de prote\u00ednas usando los algoritmos FASTAp y BLASTp para determinar la identidad de la secuencia problema prot1.&nbsp; \u00bfDe d\u00f3nde proviene la secuencia problema? \u00bfExisten diferencias en los resultados de ambos algoritmos?<\/li>\n<li>Rastrea las bases de datos de nucle\u00f3tidos usando el algoritmo tBLASTn para determinar la identidad de la secuencia problema prot1. \u00bfSon los resultados similares a los obtenidos por BLASTn?<\/li>\n<\/ol>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Hemos visto c\u00f3mo buscar secuencias mediante palabras clave. Pero en Bioinform\u00e1tica es m\u00e1s frecuente tener como dato de partida una secuencia parcial sin anotar, es decir una secuencia an\u00f3nima.&nbsp; En este caso se hace necesario hacer un \u2018rastreo\u2019 de toda la base [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":4,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/9"}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=9"}],"version-history":[{"count":7,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/9\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":2191,"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/9\/revisions\/2191"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioinfo2.ugr.es\/secuencias\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=9"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}