Una vez que sabemos acceder y extraer secuencias de las bases de datos (como la de UCSC), podemos analizarlas con algunas herramientas sencillas del paquete EMBOSS:
Algunos programas sencillos:
- infoseq
- Ejemplo: Determine el contenido en G+C del genoma completo del HIV
- extractseq
- Ejemplo: Haga el splicing del gen de la rodopsina de Xenopus y extraiga la CDS completa
- plotorf
- Ejemplo: visualice las ORFs en la CDS obtenida en el paso anterior y confirme que el splicing ha sido correcto
- freak
- Ejemplo: Determine la variación espacial del %GC a lo largo del genoma completo del HIV
- compseq
- Ejemplo: Las frecuencias de dinucleótidos y trinucleótidos del genoma completo del HIV
- cusp
- Ejemplo: Determine la tabla de uso de codones de la CDS de la rodopsina de Xenopus obtenida anteriormente