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DNA repetitivo

En esta sesión vamos a analizar el contenido en DNA repetitivo. En concreto, queremos determinar:

1)      El % del genoma que corresponde a DNA repetitivo

2)      La composición del repetido, considerando las siguientes clases: i) transposones de DNA, ii) retrotransposones, iii) repetido simple

3)      La distribución del repetido: queremos saber dónde el DNA repetido es más frecuente: en los promotores, en los exones, en los intrones o en el espacio intergénico.

 

Pasos

1)      Obtener los datos de la tabla ‘RepeatMasker’ (dentro del grupo ‘Repeats’) correspondientes a la especie. Como formato de salida excogemos ‘selected fields from primary and related tables’. Seleccionaremos: ‘milliDiv’, ‘genoName’, ‘genoStart’, ‘genoEnd’,  ‘strand’, ’repName’, ’repClass’, ’repFamily’

2)      Vamos a determinar la composición de la secuencia cromosómica en DNA repetitivo. Para ello, vamos a agrupar la columna ‘repClass’ calculando la longitud total de cada grupo (Join, Subtract and Group , Group). Los grupos que obtenenmos vamos a agrupar otra vez: i) LINE, SINE, LTR son los retrotransposones, ii) DNA los transposones de DNA, y iii) ‘Low_complexity’ y ‘Simple_repeat’ el repetido simple.

3)      Para determinar la longitud total del DNA repetitivo haremos primero un merge. Despues calcularemos la  longitud y la estatistica báscia de la longitud.

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Prueba: Lunes 16 de diciembre, 12h, aula C02

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Tutoría colectiva: Viernes 13 de diciembre, 11h, aula C01

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Práctica 2: Miércoles 30 de Octubre, 10h, aulas Inf O21/22


Práctica 1: Jueves 17 de Octubre, 10h, Laboratorio polivalente, sótano de matemáticas


Aula de teoría: C02

Practicas con ordenador: O21/O22

Comienzo de las clases: Las clases de Genómica comenzarán el martes 17 de septiembre a las 10h.

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Para un mayor aprovechamiento de la asignatura, se recomienda acudir a clase con ordenador portatil o tableta.