Home » Exonización de elementos transponibles

Exonización de elementos transponibles

Analisis de un evento de exonización

El gen BCAS4 presenta splicing alternativo dando lugar a al menos a tres transcritos diferentes. Uno de ellos, NM_017843.3 ha incorporado en su región codificadora una Alu (AluSz) – el quinto exon codificador.

A continuación, vamos a analizar si algunas mutaciones especificas han facilitado la exonización de esta Alu

  1. Descargamos la anotación de los exones de NM_017843 del ‘Table Browser’ de la UCSC (RefSeq Genes –> Filter –> output format: GTF)
  2. Las coordenadas del quinto CDS exón son chr20:49492534-49492630
  3. Visualizaremos la región en el Genome Browser de este exón alternativo mas 2 bp, teniendo en cuenta de que el motif canónico de splicing en la frontera exón/intron es ‘GT’ (donor splice) y el de la frontera intron/exón es ‘AG’ (acceptor splice).
  4. Descargamos la secuencia desde el Genome Browser (‘View’ –> ‘DNA’)
  5. Como hemos observado en el punto 3), el exón proviene de una AluSz. La secuencia consenso de esta Alu la podemos descargar aquí.
  6. La AluSz se ubica en la hebra complementaria, es decir se ha exonizado en dirección ‘anti-sense’. Por lo tanto tenemos que generar la secuencia inversa complementaria mediante revseq
  7. Generamos un fichero multi-fasta que contiene la secuencia genómica & la secuencia consenso (inversa complementaria) de la AluSz
  8. Ahora podemos alinear la secuencia genómica del exón (mas 2 bp del intron) frente a la secuencia consenso de la AluSz mediante ClustalW2

Anuncios

Prueba: Lunes 16 de diciembre, 12h, aula C02

__________________________________

Tutoría colectiva: Viernes 13 de diciembre, 11h, aula C01

__________________________________

Práctica 2: Miércoles 30 de Octubre, 10h, aulas Inf O21/22


Práctica 1: Jueves 17 de Octubre, 10h, Laboratorio polivalente, sótano de matemáticas


Aula de teoría: C02

Practicas con ordenador: O21/O22

Comienzo de las clases: Las clases de Genómica comenzarán el martes 17 de septiembre a las 10h.

—————————

Para un mayor aprovechamiento de la asignatura, se recomienda acudir a clase con ordenador portatil o tableta.