Analisis de un evento de exonización

El gen BCAS4 presenta splicing alternativo dando lugar a al menos a tres transcritos diferentes. Uno de ellos, NM_017843.3 ha incorporado en su región codificadora una Alu (AluSz) – el quinto exon codificador.

A continuación, vamos a analizar si algunas mutaciones especificas han facilitado la exonización de esta Alu

  1. Descargamos la anotación de los exones de NM_017843 del ‘Table Browser’ de la UCSC (RefSeq Genes –> Filter –> output format: GTF)
  2. Las coordenadas del quinto CDS exón son chr20:49492534-49492630
  3. Visualizaremos la región en el Genome Browser de este exón alternativo mas 2 bp, teniendo en cuenta de que el motif canónico de splicing en la frontera exón/intron es ‘GT’ (donor splice) y el de la frontera intron/exón es ‘AG’ (acceptor splice).
  4. Descargamos la secuencia desde el Genome Browser (‘View’ –> ‘DNA’)
  5. Como hemos observado en el punto 3), el exón proviene de una AluSz. La secuencia consenso de esta Alu la podemos descargar aquí.
  6. La AluSz se ubica en la hebra complementaria, es decir se ha exonizado en dirección ‘anti-sense’. Por lo tanto tenemos que generar la secuencia inversa complementaria mediante revseq
  7. Generamos un fichero multi-fasta que contiene la secuencia genómica & la secuencia consenso (inversa complementaria) de la AluSz
  8. Ahora podemos alinear la secuencia genómica del exón (mas 2 bp del intron) frente a la secuencia consenso de la AluSz mediante ClustalW2