Analisis de un evento de exonización
El gen BCAS4 presenta splicing alternativo dando lugar a al menos a tres transcritos diferentes. Uno de ellos, NM_017843.3 ha incorporado en su región codificadora una Alu (AluSz) – el quinto exon codificador.
A continuación, vamos a analizar si algunas mutaciones especificas han facilitado la exonización de esta Alu
- Descargamos la anotación de los exones de NM_017843 del ‘Table Browser’ de la UCSC (RefSeq Genes –> Filter –> output format: GTF)
- Las coordenadas del quinto CDS exón son chr20:49492534-49492630
- Visualizaremos la región en el Genome Browser de este exón alternativo mas 2 bp, teniendo en cuenta de que el motif canónico de splicing en la frontera exón/intron es ‘GT’ (donor splice) y el de la frontera intron/exón es ‘AG’ (acceptor splice).
- Descargamos la secuencia desde el Genome Browser (‘View’ –> ‘DNA’)
- Como hemos observado en el punto 3), el exón proviene de una AluSz. La secuencia consenso de esta Alu la podemos descargar aquí.
- La AluSz se ubica en la hebra complementaria, es decir se ha exonizado en dirección ‘anti-sense’. Por lo tanto tenemos que generar la secuencia inversa complementaria mediante revseq
- Generamos un fichero multi-fasta que contiene la secuencia genómica & la secuencia consenso (inversa complementaria) de la AluSz
- Ahora podemos alinear la secuencia genómica del exón (mas 2 bp del intron) frente a la secuencia consenso de la AluSz mediante ClustalW2