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Acceso a los datos: Table Browser

Table Browser

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Operaciones sencillas con Table Browser:

1. Obtener los exones de los genes RefSeq del cromosoma 21 humano

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output-refgene-as-bed-2016-09-23-12-23-46

Tras pulsar ‘getBED’ obtendrá la tabla:

chr21	5026479	5026630	NM_001283052_cds_2_0_chr21_5026480_f	0	+
chr21	5027934	5028225	NM_001283052_cds_3_0_chr21_5027935_f	0	+
chr21	5032052	5032217	NM_001283052_cds_4_0_chr21_5032053_f	0	+
---

Puede guardar la tabla a disco (desde el menú Archivo del navegador -> Guardar como: ‘chr21_exons.txt’) e importarla en una hoja de cálculo para obtener una estadística básica de la longitud de los exones del cromosoma 21 (longitud media, mínima y máxima, desviación standard, histograma de frecuencias, etc.).

Si repite la operación con los intrones puede hacer un estudio comparado de las longitudes de exones e intrones.

2. Uso de filtros: Obtener los retrotransposones de la familia Alu en el cromosoma 21 humano

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Pinche en filter -> create:

filter-on-fields-from-hg38-rmsk-2016-09-23-12-50-52

Tras presionar sobre ‘Submit’ -> ‘Get output’ -> get BED obtendrá la tabla con las Alus del cromosoma 21 humano:

chr21	5010000	5010061	AluYk11	465	-
chr21	5010563	5010892	AluY	2392	-
chr21	5010955	5011213	AluJb	1590	+
---

Si importa esta tabla en una hoja de cálculo, puede obtener una estadística básica de las longitudes de los retrotransposones Alu en el cromosoma 21, compararla con la de otros cromosomas, etc.

Esto también podrá hacerlo mediante Galaxy:

  • Calcule las longitudes de cada elemento: Compute an expression on every row.
  • Obtenga una estadística básica (media, mediana, desviación standard…): Summary Statistics for any numerical column.
  • Obtenga la distribución de longitudes: Histogram of a numeric column.

Otro ejercicio interesante es obtener las AluJ (cuya inserción en el genoma se produjo hace 80 millones de años) y las AluY (que se insertaron hace tan sólo 3-4 millones de años) de cualquier cromosoma y comparar sus longitudes.

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Prueba: Lunes 16 de diciembre, 12h, aula C02

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Tutoría colectiva: Viernes 13 de diciembre, 11h, aula C01

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Práctica 2: Miércoles 30 de Octubre, 10h, aulas Inf O21/22


Práctica 1: Jueves 17 de Octubre, 10h, Laboratorio polivalente, sótano de matemáticas


Aula de teoría: C02

Practicas con ordenador: O21/O22

Comienzo de las clases: Las clases de Genómica comenzarán el martes 17 de septiembre a las 10h.

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Para un mayor aprovechamiento de la asignatura, se recomienda acudir a clase con ordenador portatil o tableta.