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Alineamiento local

Hemos visto cómo buscar secuencias mediante palabras clave. Pero en Bioinformática es más frecuente tener como dato de partida una secuencia parcial sin anotar, es decir una secuencia anónima.  En este caso se hace necesario hacer un ‘rastreo’ de toda la base de datos de secuencias conocidas. Para ello es necesario alinear nuestra secuencia problema con todas y cada una de las secuencias que hay en la base de datos.  Esto se consigue mediante los algoritmos de alineamiento local: FASTA y BLAST. Veamos como se usan estos programas.

Secuencia anónima de ADN:

>adn1
GGAAAACTAA GACTCCTTCG CCTTCTGCAC CAGACAAGTG AGTATGGAGC CTGGTAGGAA
TCAGCTGTTT GTTGTCATTT TACTAACAAG TGCTTGCTTA GTATATTGTA GCCAGTATGT
GACTGTTTTC TATGGCATAC CCGCGTGGAA AAATGCATCT ATTCCCTTAT TTTGTGCAAC
TAAAAATAGA GACACTTGGG GGACCATACA GTGCTTGCCA GACAATGATG ATTATCAGGA
AATAATTTTA AATGTGACAG AGGCTTTTGA TGCATGGAAT AATACAGTGA CAGAACAAGC
AGTAGAAGAT GTCTGGCATC TATTTGAGAC ATCAATAAAA CCATGTGTCA AGCTAACACC
TCTATGTGTG GCAATGAATT GTAGCAGGGT TCAAGGGAAT ACCACGACCC CGAATCCCAG
GACCTCGAGT TCCACAACCT CGAGACCACC CACATCCGCA GCCTCCATAA TAAATGAAAC
TTCTAACTGC ATAGAAAACA ACACATGCGC AGGATTAGGG TATGAGGAGA TGATGCAATG
TGAGTTCAAT ATGAAGGGGT TAGAACAAGA TAAGAAAAGG AGGTATAAGG ACACATGGTA
TTTAGAAGAT GTGGTTTGTG ACAACACAAC AGCTGGCACA TGTTACATGA GACATTGCAA
CACATCAATC ATCAAAGAGT CATGTGATAA GCACTATTGG GATGCTATGA GGTTTAGATA

Secuencia anónima de proteína:

>prot1
MEEDRNWIVV PTWRVPGRME KWHALVKYLK YRTKDLEEVR YVPHHKVGWA WWTCSRVIFP
LQGKSHLEIQ AYWNLTPEKG WLSSHAVRLT WYTEKFWTDV TPDCADILIH STYFSCFTAG
EVRRAIRGEK LLSCCNYPQA HKAQVPSLQY LALVVVQQND RPQ
FASTA EBI, Cambridge
BLASTn (DNA) NCBI, USA
BLASTp (proteínas) NCBI, USA

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Prueba: Lunes 16 de diciembre, 12h, aula C02

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Tutoría colectiva: Viernes 13 de diciembre, 11h, aula C01

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Práctica 2: Miércoles 30 de Octubre, 10h, aulas Inf O21/22


Práctica 1: Jueves 17 de Octubre, 10h, Laboratorio polivalente, sótano de matemáticas


Aula de teoría: C02

Practicas con ordenador: O21/O22

Comienzo de las clases: Las clases de Genómica comenzarán el martes 17 de septiembre a las 10h.

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Para un mayor aprovechamiento de la asignatura, se recomienda acudir a clase con ordenador portatil o tableta.