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Galaxy workflows 2: Ejecución

Una vez programado un workflow, podemos aplicarlo a otros datos de entrada y repetir los cálculos de manera automática.

Vamos a comenzar por aplicar WF1 a los datos de exones y SNPs a partir de los cuales fué extraído el workflow.

Cree una nueva historia, llámela Exons_SNPs_WF y copie (History options –> Copy datasests) en ella los datasets originales del cromosoma 22 (Exons y SNPs):

Pinche en Workflow, pase el ratón sobre “WF1”, pinche en la flecha y elija ‘Run’.

El panel central cambiará para permitir ejecutar el workflow. Seleccione los dos conjuntos de datos (primero los exones, después los SNPs) como se muestra abajo, vaya al final de la página y pinche Run workflow:

Una vez que comience a ejecutarse el workflow, podrá ir siguiendo todas sus etapas en el panel central:

Resultados

Cuando el proceso acabe podrá ver la salida final ( dataset #7), las etapas intermedias habrán desaparecido:

Ejercicios

Utilice WF1 para examinar las relaciones entre otros elementos genómicos

  1. Obtenga los 5 exones del cromosoma 22 humano con más retrotransposones Alu (exonización).
  2. Elija otros contenedores/contenidos y ejecute WF1 sobre ellos.

Desarrollo de workflows con otra funcionalidades

Sugerencias:

  1. Elimine alguna etapa intermedia de forma que en vez de los Top5, el nuevo workflow sea capaz de extraer todos los exones humanos con alguna Alu.
  2. Además de contar elementos dentro de un contenedor, puede explorar también otras propiedades estadísticas de los elementos genómicos. Por ejemplo, en el programa ‘Group’ puede usar la media, moda, mediana, máx, min… de la longitud de los elementos dentro del contenedor.

Compartiendo historias y workflows

History options –> Share or publish:

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Prueba: Lunes 16 de diciembre, 12h, aula C02

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Tutoría colectiva: Viernes 13 de diciembre, 11h, aula C01

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Práctica 2: Miércoles 30 de Octubre, 10h, aulas Inf O21/22


Práctica 1: Jueves 17 de Octubre, 10h, Laboratorio polivalente, sótano de matemáticas


Aula de teoría: C02

Practicas con ordenador: O21/O22

Comienzo de las clases: Las clases de Genómica comenzarán el martes 17 de septiembre a las 10h.

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Para un mayor aprovechamiento de la asignatura, se recomienda acudir a clase con ordenador portatil o tableta.