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Trabajos personales

Análisis en genoma completo

Objetivo específico: Estudio comparado de un par de elementos genómicos: exones vs. intrones, AluJ vs AluY, islas CpG vs. TFBSs, etc.

Siga los siguientes pasos:

  1. Empiece una nueva historia en Galaxy.
  2. Elija un genoma, ensamblado genómico o cromosoma diferentes a los que se analizaron en clase.
  3. Elija el par de elementos genómicos a comparar y extraiga los datos correspondientes mediante Table Browser (en formato BED) y expórtelos a su historia de Galaxy.
  4. Calcule las longitudes de ambos elementos: Compute an expression on every row.
  5. Obtenga la estadística básica (media, mediana, desviación standard, percentiles…) de las longitudes de ambos elementos: Summary Statistics for any numerical column.
  6. Obtenga la distribución estadística (histograma) de ambos elementos: Histogram of a numeric column.
  7. Comente y discuta brevemente los resultados obtenidos.
  8. Comparta su historia mediante un enlace y envíelo al Prof. José L. Oliver. En el asunto del correo ponga ‘Genomica’.
Fecha límite de entrega:lunes 18 de noviembre

Trabajo para discutir en clase: The Ecoresponsive Genome of Daphnia pulex

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Prueba: Lunes 16 de diciembre, 12h, aula C02

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Tutoría colectiva: Viernes 13 de diciembre, 11h, aula C01

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Práctica 2: Miércoles 30 de Octubre, 10h, aulas Inf O21/22


Práctica 1: Jueves 17 de Octubre, 10h, Laboratorio polivalente, sótano de matemáticas


Aula de teoría: C02

Practicas con ordenador: O21/O22

Comienzo de las clases: Las clases de Genómica comenzarán el martes 17 de septiembre a las 10h.

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Para un mayor aprovechamiento de la asignatura, se recomienda acudir a clase con ordenador portatil o tableta.