Análisis en genoma completo

Objetivo específico: Estudio comparado de un par de elementos genómicos: exones vs. intrones, AluJ vs AluY, islas CpG vs. TFBSs, etc.

Siga los siguientes pasos:

1. Empiece una nueva historia en Galaxy.
2. Elija un genoma, ensamblado genómico o cromosoma diferentes a los que se analizaron en clase.
3. Elija el par de elementos genómicos a comparar y extraiga los datos correspondientes mediante Table Browser (en formato BED) y expórtelos a su historia de Galaxy.
4. Calcule las longitudes de ambos elementos: Compute an expression on every row.
5. Obtenga la estadística básica (media, mediana, desviación standard, percentiles…) de las longitudes de ambos elementos: Summary Statistics for any numerical column.
6. Obtenga la distribución estadística (histograma) de ambos elementos: Histogram of a numeric column.
7. Comente y discuta brevemente los resultados obtenidos.
8. Comparta su historia mediante un enlace y envíelo al Prof. José L. Oliver. En el asunto del correo ponga ‘Genomica’.

Fecha límite de entrega:lunes 18 de noviembre

Trabajo para discutir en clase: The Ecoresponsive Genome of Daphnia pulex