Análisis en genoma completo
Objetivo específico: Estudio comparado de un par de elementos genómicos: exones vs. intrones, AluJ vs AluY, islas CpG vs. TFBSs, etc.
Siga los siguientes pasos:
- Empiece una nueva historia en Galaxy.
- Elija un genoma, ensamblado genómico o cromosoma diferentes a los que se analizaron en clase.
- Elija el par de elementos genómicos a comparar y extraiga los datos correspondientes mediante Table Browser (en formato BED) y expórtelos a su historia de Galaxy.
- Calcule las longitudes de ambos elementos: Compute an expression on every row.
- Obtenga la estadística básica (media, mediana, desviación standard, percentiles…) de las longitudes de ambos elementos: Summary Statistics for any numerical column.
- Obtenga la distribución estadística (histograma) de ambos elementos: Histogram of a numeric column.
- Comente y discuta brevemente los resultados obtenidos.
- Comparta su historia mediante un enlace y envíelo al Prof. José L. Oliver. En el asunto del correo ponga ‘Genomica’.
Fecha límite de entrega:lunes 18 de noviembre
Trabajo para discutir en clase: The Ecoresponsive Genome of Daphnia pulex