Análisis de una secuencia anónima (sequence) mediante BLAST
Preguntas:
- ¿De gen se trata y a que especie pertenece?
- ¿Este gen tiene homólogos en otras especies?
- ¿Este gen tiene variación transcripcional y diferentes isoformas a nivel de proteína?
Buscar información del gen en NCBI gene
Preguntas:
- ¿Qué es la función de este gen?
- ¿Cuantas isoformas tiene?
Ejercicios:
- Descargar la secuencia del mRNA correspondiente
- Obtener y descargar la región codificante (CDS) del mRNA
- Comprobar la anotación de la CDS mediante ORFfinder
- Obtener las secuencias homólogas en el ratón (Mus musculus) y gorlilla (Gorilla gorilla gorilla)
- Guardar las secuencias en formato fasta
Generar un alineamiento local usando el algoritmo de Smith-Waterman
P1: Descargamos las secuencias NP_000549.1, NP_000509.1.
- ¿Que grado de similitud hay entra estas dos proteínas?
- ¿Son proteínas homólogas (ortólogos, parálogos)?
- ¿Que observamos a nivel de RNA?
P2: Secuencias: NP_009231.2 y NP_009225.1
- ¿A que corresponde el hueco en el alineamiento?
Ejercicios:
- Descargar las secuencia de mRNA de NP_009231.2 y NP_009225.1
- Obtener secuencias homologas a nivel de mRNA
- Alinear las secuencias usando tanto water (alineamiento local) como needle (alineamiento global)
Búsqueda de una secuencia (sec29) en el genoma: BLAT
Preguntas:
- ¿A que cromosoma y coordenadas corresponde esta secuencia?
- ¿Qué gen contiene la secuencia?
- ¿Qué función tiene este gen, y/o a que enfermedad(es) está asociado?