Ejercicios Alineamientos

Análisis de una secuencia anónima (sequence) mediante BLAST

Preguntas:

  • ¿De gen se trata y a que especie pertenece?
  • ¿Este gen tiene homólogos en otras especies?
  • ¿Este gen tiene variación transcripcional y diferentes isoformas a nivel de proteína?

Buscar información del gen en NCBI gene

Preguntas:

  • ¿Qué es la función de este gen?
  • ¿Cuantas isoformas tiene?

Generar un alineamiento local usando el algoritmo de Smith-Waterman

EMBOSS en Wageningen

EMBOSS en el EBI

Secuencias: NP_009231.2 y NP_009225.1

Preguntas

  • ¿A que corresponde el hueco en el alineamiento?

Búsqueda de una secuencia (sec29) en el genoma: BLAT

Preguntas:

  • ¿A que cromosoma y coordenadas corresponde esta secuencia?
  • ¿Qué gen contiene la secuencia?
  • ¿Qué función tiene este gen, y/o a que enfermedad(es) está asociado?