Contenidos

Tema 0. Introducción a la biología computacional y bioinformática

Tema 1. Alineamientos locales y globales. Métodos exactos y heurísticos. Sistemas de puntuación. Matriz de puntos. Mapeo frente al genoma. Blast, Blat y bowtie. Ejercicios Alineamientos

Tema 2. Sistema operativo Linux. Uso en línea de comando. Instrucciones básicas (copiar y eliminar ficheros, hacer directorios, visualizar el contenido de un directorio, etc). Ejercicios Linux

Tema 3. Análisis básico de secuencias con EMBOSS. Manipular secuencias, porcentaje en G+C, estadística de dinucleótidos, trinucleotidos frente a codones.  Ejercicios EMBOSS

Tema 4. Programación en Perl. Semántica y sintaxis básica. Variables, funciones, condicionales y bucles. Generar un script para calcular propiedades básicos de una secuencia de ADN. Práctica programación 

Tema 5. Secuenciación masiva. Diferentes tipos de secuenciación masiva. Estimación de la tasa de errores de secuenciación. El formato fastq. Determinar la calidad de la secuenciación.  Ejercicios NGS

Tema 6. Detectar variación de nucleótido único (SNV) e inserciones y deleciones cortas. Determinar la región (codificante o no-codificante) y el efecto de la variación. Aplicaciones en medicina forense, diagnóstico genético y tests de paternidad.  Práctica Genotipado 

Tema 7. microRNAs. Biogénesis y función de microRNAs. Determinar los niveles de expresión de microRNAs. Detectar expresión diferencial. Detectar posibles dianas. Práctica 3

Tema 8. Ontologías y su importancia en la biocomputación. Términos GO y Rutas KEGG. Enriquecimiento relativo de términos funcionales. Test estadístico y significación del enriquecimiento.

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