Trabajos no presenciales (20 puntos en total)
Problema 1 (5 puntos): descargar una secuencia, copiarla al servidor y analizar su composición
Fecha limite: 17 de noviembre (2023)
Cada alumno ha de:
- Generar dentro del directorio ‘/home/biocomp/ejercicio1’ una carpeta cuya nombre esté compuesto por el nombre y primer apellido del estudiante (separado ambos por un guión bajo ‘_’)
- Elegir una región de aproximadamente 200 kb del genoma de un pez.
- Descargar la secuencia y depositarla dentro de la carpeta generada en el primer punto
- Determinar las frecuencias de los dinucleótidos usando tanto el programa desarrollado en python como el programa compseq de EMBOS. Discutir brevemente el resultado – depositar un fichero (PDF, txt, word) con la discusión (máximo media página) en la carpeta. Depositar el programa en python en la carpeta.
Problema 0 (5 puntos): descargar una secuencia, copiarla al servidor y analizar su composición
Cada alumno ha de:
- Elegir un gen codificante y descargar la secuencia del NCBI
- Generar dentro del directorio ‘/home/biocomp/ejercicio1’ una carpeta cuya nombre esté compuesto por el nombre y primer apellido del estudiante (separado ambos por un guión bajo ‘_’)
- Subir el fichero con la secuencia al servidor de docencia y depositarlo en la carpeta generada
- Determinar el uso de codones y depositar un fichero con las frecuencias de los codones en la misma carpeta
Problema 2 (5 puntos): genotipado
Problema 3 (10 puntos): análisis de datos de secuenciación masiva de ARN pequeños:
Este ejercicio se hará en grupos de hasta 4 estudiantes. El grupo ha de:
- Elegir el experimento (miRNA-seq) de un repositorio publico
- Analizar las muestras individualmente (2 por estudiante)
- Llevar a cabo un análisis de expresión diferencial
- Escribir y entregar un resumen de hasta 2 paginas con los resultados