Trabajos

Trabajos no presenciales (30 puntos en total)

Problema 1 (10 de octubre): caracterizar una secuencia anónima

Este ejercicio involucra a los estudiantes en la generación de los ejercicios y consta de dos partes evaluadas. En las primeras sesiones aprenderemos como obtener secuencias de ADN, ARN y proteínas y copiarlos al servidor de docencia.

Cada alumno ha de:

  • Extraer una secuencia de ADN, RNA o proteína de la base de datos NCBI gene
  • Eliminar el nombre de la secuencia y sustituirlo por ‘secuencia_anonima’
  • Dar un nombre al fichero que se compone por su “sec”, su ID (consulte la tabla en Proyectos) y “.fa”
  • Subir este fichero al servidor de docencia y depositarlo en la carpeta ‘/home/biocomp/ejercicio1’
  • Comunicar al profesor la especie y el nombre del gen elegido

El profesor asignará uno de estos ficheros a cada alumno, quien tiene que averiguar el tipo de molécula (DNA, RNA o proteína), la especie y el nombre del gen. Se publicará en esta pagina una lista con los ficheros asignados.

Los resultados se enviaran al profesor poniendo ‘problema 1’ en el asunto del correo electrónico.

Tanto la correcta deposición de la secuencia en el servidor como la resolución del problema darán 5 puntos (10 puntos en total)

En la siguiente tabla se encuentran las secuencias anonimas asignadas.

Las secuencias se encuentran en el servidor de docencia en la siguiente carpeta: /home/biocomp/ejercicio1

Problema 2: Genotipado y asesoramiento genético

Este problema comprende el análisis de datos genómicos de secuenciación masiva obtenidos de dos parejas diferentes. El objetivo consiste en detectar la variación de secuencia (SNPs, indels) existente en estos individuos, asociarla a un fenotipo (una enfermedad recesiva) y determinar la probabilidad de que un hijo de estas parejas este afectado.

Los estudiantes han de preparar un resumen corto que incluya los siguientes puntos para cada una de las parejas y individuos:

  • Cromosoma y coordenadas
  • Tipo de variación (SNP, indel), alelos detectados y genotipo del individuo en esta posición
  • Para variación conocida, ID del SNP y frecuencias en la población
  • Localización (relativo a un gen) en el cromosoma y efecto del SNP (sinónimo, sentido erróneo, etc.)
  • Asociación con un fenotipo (breve descripción del fenotipo)
  • Probabilidad de que una niña o niño de la pareja pueda padecer una enfermedad genética

El limite de entrega es el 10 de Enero. El resumen se enviará a poniendo ‘problema 2, biocomputación’ en el asunto

Apellidos, Nombre (ID) Pareja 1 Pareja 2
1  M: 3-F_read1.fq

P: 3-E_read1.fq

M: 3-H_read1.fq

P: 3-G_read1.fq

2 M: 4-F_read1.fq

P: 4-G_read1.fq

M: 4-B_read1.fq

P: 4-H_read1.fq

3  M: 23-I_read1.fq

P: 23-G_read1.fq

M:23-B_read1.fq

P:23-A_read1.fq

4  M:5-G_read1.fq

P: 5-A_read1.fq

M: 5-C_read1.fq

P: 5-E_read1.fq

5  M: 7-G_read1.fq

P: 7-A_read1.fq

M: 7-B_read1.fq

P: 7-D_read1.fq

6 M: 11-A_read1.fq

P: 11-D_read1.fq

M:11-B_read1.fq

P: 11-C_read1.fq

7 M: 12-F_read1.fq

P: 12-B_read1.fq

M:12-H_read1.fq

P: 12-E_read1.fq

8 M:13-B_read1.fq

P:13-I_read1.fq

M:13-G_read1.fq

P:13-D_read1.fq

9 M:14-A_read1.fq

P:14-H_read1.fq

M:14-E_read1.fq

P:14-F_read1.fq

10 M:15-B_read1.fq

P:15-H_read1.fq

M:15-G_read1.fq

P:15-D_read1.fq

11 M:16-D_read1.fq

P:16-E_read1.fq

M:16-G_read1.fq

P:16-I_read1.fq

12 M:17-G_read1.fq

P:17-B_read1.fq

M:17-E_read1.fq

P:17-C_read1.fq

13 M:18-F_read1.fq

P: 18-I_read1.fq

M:18-G_read1.fq

P:18-A_read1.fq

14 M:20-A_read1.fq

P:20-F_read1.fq

M:20-H_read1.fq

P:20-I_read1.fq

15 M:21-D_read1.fq

P:21-C_read1.fq

M:21-F_read1.fq

P: 21-I_read1.fq

16 M: 25-A_read1.fq

P:25-B_read1.fq

M:25-I_read1.fq

P:25-C_read1.fq

17 M:26-H_read1.fq

P:26-I_read1.fq

M:26-F_read1.fq

P:26-E_read1.fq

18 M:27-F_read1.fq

P:27-I_read1.fq

M:27-B_read1.fq

P:27-D_read1.fq

M: 22-A_read1.fq

P:22-H_read1.fq

M:22-C_read1.fq

P:22-G_read1.fq

M:19-H_read1.fq

P:19-F_read1.fq

M:19-B_read1.fq

P:19-D_read1.fq

 P: 29-C_read1.fq

M: 29-A_read1.fq

P: 29-D_read1.fq

M: 29-B_read1.fq

Problema 3 (1 de diciembre): análisis de datos de secuenciación masiva de ARN pequeños:

Este ejercicio se hará en grupos de hasta 4 estudiantes. El grupo ha de:

  • Elegir el experimento (miRNA-seq) de un repositorio publico
  • Analizar las muestras individualmente (2 por estudiante)
  • Llevar a cabo un análisis de expresión diferencial
  • Escribir y entregar un resumen de hasta 2 paginas con los resultados

Fecha limite de entrega: 20 de diciembre de 2019