Trabajos

Trabajos no presenciales (20 puntos en total)

Problema 1 (5 puntos): descargar una secuencia, copiarla al servidor y analizar su composición

Fecha limite: 7 de noviembre

Cada alumno ha de:

  1. Generar dentro del directorio ‘/home/biocomp/ejercicio1’ una carpeta cuya nombre esté compuesto por el nombre y primer apellido del estudiante (separado ambos por un guión bajo ‘_’)
  2. Elegir una región de aproximadamente 200 kb del genoma de un pez.
  3. Descargar la secuencia y depositarla dentro de la carpeta generada en el primer punto
  4. Determinar las frecuencias de los dinucleótidos y discutir brevemente el resultado – depositar un fichero (PDF, txt, word) con la discusión (máximo media página) en la carpeta.

Problema 0 (5 puntos): descargar una secuencia, copiarla al servidor y analizar su composición

Cada alumno ha de:

  • Elegir un gen codificante y descargar la secuencia del NCBI
  • Generar dentro del directorio ‘/home/biocomp/ejercicio1’ una carpeta cuya nombre esté compuesto por el nombre y primer apellido del estudiante (separado ambos por un guión bajo ‘_’)
  • Subir el fichero con la secuencia al servidor de docencia y depositarlo en la carpeta generada
  • Determinar el uso de codones y depositar un fichero con las frecuencias de los codones en la misma carpeta

Problema 2 (5 puntos): genotipado

 

Problema 3 (10 puntos): análisis de datos de secuenciación masiva de ARN pequeños:

Este ejercicio se hará en grupos de hasta 4 estudiantes. El grupo ha de:

  • Elegir el experimento (miRNA-seq) de un repositorio publico
  • Analizar las muestras individualmente (2 por estudiante)
  • Llevar a cabo un análisis de expresión diferencial
  • Escribir y entregar un resumen de hasta 2 paginas con los resultados