¿Que es UNIX?
- En los años 60: cada ordenador tenia su sistema operativo
- En 1970, en Bell Labs, Ken Thompson y Dennis Richie, empiezan con el desarrollo de Unix
- Diseño modular, escrito en C (con excepción del kernel)
- Unix era adaptable a diferentes arquitecturas.
- Linus Torvalds (abajo) publica en 1991 el primer kernel del sistema operativo Linux
- Gratuito y código abierto
¿Que es Linux?
Linux es un sistema operativo tipo Unix, que sin embargo se distribuye bajo las licencias de software libre. Hoy en día es innegable que un manejo básico en este sistema operativo es indispensable no solo dentro del campo de la biocomputación sino también para muchos otros perfiles de trabajo que requieren algún fondo computacional.
Existen muchas razones por las que en el mundo de la biocomputación el sistema operativo Linux es tan importante, sino predominante:
- Es completamente gratis, es decir no hay que invertir parte del presupuesto en licencias
- Es muy estable y por eso se suele instalar en los servidores de cálculo intensivo para ejecutar los programas bioinformáticos que demandan mucha memoria y CPU. La estabilidad siempre era el talón de Aquiles de Windows. En investigación es inconcebible que un proceso que llevaba corriendo varios días no terminase porque el sistema operativo se queda bloqueado.
- La estabilidad queda patente en el hecho de que 498 de los 500 ordenadores más ponentes del mundo usan Linux como sistema operativo (Vaughan-Nichols, 2016).
- Es fácil de mantener y no degrada con el uso
- No requiere la protección mediante un programa antivirus
- Las actualizaciones raras veces requieren el reinicio de la maquina física, lo cual es una ventaja importante en un servidor
- Existe una comunidad grande dispuesta a ayudar a resolver los posibles problemas relacionados con el sistema operativo
- Linux es totalmente ajustable a los necesidades del usuario. Es decir, se puede configurar para que únicamente contenga los programas requeridas y de esta forma no se malgasta recursos en programas innecesarios (y frecuentemente indeseados)
Debido a lo expuesto arriba, la mayoría de los bioinformáticos desarrollan sus herramientas dentro de un entorno Linux. Aunque frecuentemente existe cierto grado de portabilidad entre los diferentes sistemas operativos, muchas herramientas importantes únicamente están disponibles para Linux.
Además, existen distribuciones adaptadas directamente para el uso bioinformático. La ‘distro’ DNALinux (https://en.wikipedia.org/wiki/DNALinux ) por ejemplo viene con algunos programas bioinformáticos preinstalados como Blast y el paquete EMBOSS.