Trabajos

Trabajos no presenciales (20 puntos en total)

Problema 1 (2024) 5 puntos:

Fecha limite: 8 de noviembre (2024)

Terminar el programa de la práctica 1 para que:

  • Acepte 3 parámetros posicionales:
    • el fichero de entrada
    • la longitud de la palabra (N-mero)
    • un fichero de salida
  • Genere un fichero de salida igual que el programa compseq (ordenado alfanuméricamente)
  • Imprima texto de ayuda cuando el programa se lanza sin parámetros

Indicar en un correo a el comando para lanzar el programa (sin parámetros) en el servidor de docencia.

 

Problema 1 (2023 )(5 puntos): descargar una secuencia, copiarla al servidor y analizar su composición

Fecha limite: 17 de noviembre (2023)

Cada alumno ha de:

  1. Generar dentro del directorio ‘/home/biocomp/ejercicio1’ una carpeta cuya nombre esté compuesto por el nombre y primer apellido del estudiante (separado ambos por un guión bajo ‘_’)
  2. Elegir una región de aproximadamente 200 kb del genoma de un pez.
  3. Descargar la secuencia y depositarla dentro de la carpeta generada en el primer punto
  4. Determinar las frecuencias de los dinucleótidos usando tanto el programa desarrollado en python como el programa compseq de EMBOS. Discutir brevemente el resultado – depositar un fichero (PDF, txt, word) con la discusión (máximo media página) en la carpeta. Depositar el programa en python en la carpeta.

Problema 0 (5 puntos): descargar una secuencia, copiarla al servidor y analizar su composición

Cada alumno ha de:

  • Elegir un gen codificante y descargar la secuencia del NCBI
  • Generar dentro del directorio ‘/home/biocomp/ejercicio1’ una carpeta cuya nombre esté compuesto por el nombre y primer apellido del estudiante (separado ambos por un guión bajo ‘_’)
  • Subir el fichero con la secuencia al servidor de docencia y depositarlo en la carpeta generada
  • Determinar el uso de codones y depositar un fichero con las frecuencias de los codones en la misma carpeta

Problema 2 (5 puntos): genotipado

 

Problema 3 (10 puntos): análisis de datos de secuenciación masiva de ARN pequeños:

Este ejercicio se hará en grupos de hasta 4 estudiantes. El grupo ha de:

  • Elegir el experimento (miRNA-seq) de un repositorio publico
  • Analizar las muestras individualmente (2 por estudiante)
  • Llevar a cabo un análisis de expresión diferencial
  • Escribir y entregar un resumen de hasta 2 paginas con los resultados