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Alineamiento multiple

Conservación / región del seed

Fichero de prueba miR-139
Descargamos el fichero de familias (en la sección de descargas) o directamente de este enlace (miFam.txt). Buscamos la familia miR-139 una y descargamos (mediante la opción de ‘search’ & ‘Get sequence’) las secuencias de 5 miembros de la familia (en 5 especies diferentes) poniendo las secuencias en un fichero multifasta. Mediante el programa Omega podemos alinear las secuencias y determinar las regiones conservadas.
Cuestiones:
  • ¿Cuáles son las regiones más conservadas en el alineamiento?
  • ¿Cuántas sustituciones se observa en el pre-microRNA, microRNA maduro, región del seed?
  • ¿Cuál es la especie evolutivamente más alejado de los humanos en la que se encuentra el microRNA asignado al alumno?

Clases (Parte I: Computacional)

Horario
10-12h
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Aulas
OS1: 17, 19, 20, 26, 27 de febrero; 4 de marzo

O21: 18, 21 de febrero; 2 de marzo

O3: 3 de marzo

Laboratorio de Genética Molecular: 24, 25 de febrero

Examen:

5 de marzo en el aula O21/22