Bases de datos
La base de datos de referencia se llama miRBase. Podemos descargar todas las secuencias de los microRNA, buscar información acerca de uno en concreto o en función de la especie.
Cuestiones:
- Los nombres de las secuencias maduras del microRNA asignado
- Secuencias del pre-microRNA y de los microRNAs maduros
- ¿Cual de los microRNAs maduros es el funcional (5p o 3p)?
El microRNA en el contexto genómico (hsa-mir-125a)
Hay dos posibilidades de determinar las coordenadas de un microRNA:
- En la base de datos miRBase podemos obtener las coordenadas cromosómicas
- Podemos usar BLAT para ubicar la secuencia en el genoma humano
Mediante el GenomeBrowser podemos analizar el gen de microRNA en su contexto genómico
Cuestiones:
- Las coordenadas cromosómicas del pre-microRNA
- Co-localización con los genes (intrónico/inter-génico)
- Formación de un cluster con otros microRNAs
- ¿El pre-microRNA solapa con algún elemento genómico o una variación de secuencia anotada (SNPs)?
- Determinar la posición relativa de los SNPs dentro del pre-microRNA y si procede dentro del microRNA maduro