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microRNA: nomenclatura, bases de datos y biogénesis

Bases de datos

La base de datos más importante referente a los microRNA se llama miRBase. Podemos descargar todas las secuencias de los microRNA, buscar información acerca de uno en concreto o en función de la especie.

Cuestiones:

  • Los nombres de los microRNA maduros del microRNA asignado
  • Secuencias del pre-microRNA y de los microRNAs maduros
  • ¿cual de los microRNAs maduros es el funcional (5p o 3p)?

El microRNA en el contexto genómico (hsa-mir-125a)

Hay dos posibilidades de determinar las coordenadas de un microRNA:

  1. En la base de datos miRBase podemos obtener las coordenadas cromosómicas
  2. Podemos usar Blast para ubicar la secuencia en el genoma humano

Mediante el GenomeBrowser podemos analizar el gen de microRNA en su contexto genómico

Cuestiones:

  • Las coordenadas cromosómicas del pre-microRNA
  • Co-localización con los genes (intrónico/inter-génico)
  • Formación de un cluster con otros microRNAs
  • ¿El pre-microRNA solapa con algún elemento genómico o una variación de secuencia anotada (SNPs)?
  • Determinar la posición relativa de los SNPs dentro del pre-microRNA y si procede dentro del microRNA maduro

Clases (Parte I: Computacional)

Horario
10-12h
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Aulas
OS1: 17, 19, 20, 26, 27 de febrero; 4 de marzo

O21: 18, 21 de febrero; 2 de marzo

O3: 3 de marzo

Laboratorio de Genética Molecular: 24, 25 de febrero

Examen:

5 de marzo en el aula O21/22