Datos: secuencias de microRNAs maduros de la garrapata Ixodes ricinus

Análisis Funcional

Para detectar términos funcionales sobre o infra-representado en los genes regulados podemos usar el programa miRPath
Cuestiones:

• ¿En qué rutas los target genes están sobre-representados?
• ¿Qué genes están regulados en estas rutas?

Cómo detectar posibles funciones si los microRNAs y los transcritos no son de la misma especie?

Objetivo:

• Determinar las dianas de 5 microRNAs específicos de saliva + 5 microRNAs para un control negativo (abundantes en glandulas salivares y tubo digestivo) (consenso 4 miRNAs específicos de saliva)
• Detectar dianas en el ratón y humano usando RefSeqSelect: https://arn.ugr.es/srnatoolbox/amirconstarget/   (dianas del iri-miR-3p en ratón
• Visualizar interacciones proteína-proteína (PPI): https://string-db.org/ (para mapear los nombres de los transcritos: https://www.uniprot.org/uploadlists/
• Determinar anotaciones funcionales enriquecidas: StringDB, g:Profiler or http://cbl-gorilla.cs.technion.ac.il/ (obtener lista de transcritos – ensembl_background: https://www.ensembl.org/biomart/martview )
• Detectar los genes regulados por al menos 3 de los 4 microRNAs (se puede hacer mediante un diagrama de Venn: https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/ 
• Analizar funcionalmente a estos genes