Estructura secundaria
Usaremos el programa RNAfold para calcular la estructura secundaria del pre-microRNA. Mediante shuffleseq podemos aleatorizar la secuencia del pre-microRNA comparando las propiedades principales entre pre-microRNA y la secuencia aleatoria.
Cuestiones:
- Longitud del pre-microRNA
- Longitud del bucle (loop)
- La energía de enlace
- El número de enlaces del pre-microRNA
- El número de enlaces dentro del dúplex que forman mature/mature*