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Predicción de dianas

Visualizar la interacción entre un microRNA y su diana (parte 3’UTR de un transcrito)

Mediante el programa RNAhybrid analizaremos los híbridos que se pueden formar entre la secuencia del microRNA y la secuencia 3’UTR del gen (NM_001198993). Para ello usamos las siguientes secuencias: hsa-miR-125a-5p and NM_001198993 (3pUTR)

Cuestiones:

  • ¿Cual de las interacciones es más probablemente funcional?

Bases de datos

Mediante base de datos TarBase podemos buscar tanto las posibles dianas de un microRNA como los microRNAs que regulan un gen en concreto. Todas las interacciones listadas en TarBase tienen algún tipo de verificación experimental.

Cuestiones:

Escogemos un gen regulado por el miRNA asignado y analizamos mediante RNAhybrid el duplex. ¿Podemos observar una región semilla?

 

Impacto de variación de secuencia en la interacción entre miRNA y transcrito

Frecuentemente, nos encontramos con la situación de que queremos detectar las dianas de microRNAs que no están en la base de datos. Esta situación tenemos para microRNAs nuevos, mutados o si queremos determinar el impacto de los microRNAs de una especie (un virus por ejemplo) en otra (el huésped).

Para analizar el impacto de mutaciones o SNPs, daremos los siguientes pasos:

  • Generar las secuencias de los microRNAs mediante ‘mutación artificial’, i.e. una mutación en la semilla y otra fuera de ella
  • Descargamos un conjunto de aproximadamente 1000 regiones 3’UTR del UCSC
  • Predecimos las dianas para las 3 secuencias y analizamos el grado de coincidencia entre los transcritos regulados (usaremos el programa miRNAconsTarget de la colección de programas sRNAtoolbox.

Datos de prueba: microRNAs (mir-125a) ; secuencias 3pUTR

Determinar el número de dianas comunes

Para determinar el número de dianas comunes daremos los siguientes pasos:

  • descargamos la predicción de dianas
  • extraemos las interacciones predichas por cada uno de dos programas
  • separar las predicciones mediante Excel
  • usar el siguiente programa para hacer un diagrama de Venn: http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/

 

Clases (Parte I: Computacional)

Horario
10-12h
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Aulas
OS1: 17, 19, 20, 26, 27 de febrero; 4 de marzo

O21: 18, 21 de febrero; 2 de marzo

O3: 3 de marzo

Laboratorio de Genética Molecular: 24, 25 de febrero

Examen:

5 de marzo en el aula O21/22