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Perfiles de expresión

Detectar los perfiles de expresión y expresión diferencial

Para detectar los perfiles de expresión de los microRNAs y la posible expresión diferencial usaremos el programa sRNAbench

Usaremos datos de miRNAs de la especie Ixodes ricinus (descripción). Estos datos se han procesado mediante el kit de Illumina, y los nombres de los microRNAs empiezan con ‘iri’

  • Cada estudiante escoge una muestra (SRR) del estudio
  • En la aplicación sRNAbench, introducimos los parámetros (Illumina, microRNA=iri) y lanzamos el trabajo
Cuestiones:
  • ¿Cuál es el microRNA más frecuente en la muestra?
  • ¿ Cuántos microRNAs tienen al menos un nivel de expresión (RPM) por encima de 100?

Mediante el programa sRNAde podemos calcular la expresión diferencial. Para ello necesitamos a todas las IDs de los trabajos (véase carpeta compartida). Para determinar expresión diferencial:

  • foldchange: log2 (RPM1/RPM2)
  • valor p mediante la t-test
Cuestiones:
  • ¿Cuantos microRNAs se expresan diferencialmente entre el tubo digestivo y las glándulas salivales?
  • ¿Cual son los 10 microRNAs más frecuentes en saliva?
  • ¿Cuantos microRNAs están al menos 4 veces más frecuentes en saliva comparado con las glándulas salivales?

Mediante el programa Heatmapper podemos hacer un clustering jerárquico: heatmapper

Cuestiones:
  • Explorar los cambios usando solamente los microRNAs más expresados y los microRNAs con mayor coeficiente de variación
  • Explorar los cambios usando el logaritmo del valor de expresión RPM

 


	

Clases (Parte I: Computacional)

Horario
10-12h
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Aulas
OS1: 17, 19, 20, 26, 27 de febrero; 4 de marzo

O21: 18, 21 de febrero; 2 de marzo

O3: 3 de marzo

Laboratorio de Genética Molecular: 24, 25 de febrero

Examen:

5 de marzo en el aula O21/22