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Diferencias GO entre dos grupos de genes

Usaremos el ejemplo clásico de Chu et al. (1998), The Transcriptional Program of Sporulation in Budding Yeast, Science, 282, 699-705 con los grupos de genes clusterizados de acuerdo con su perfil de expresión. Escogeremos un cluster de genes co-expresados y pondremos a prueba la hipótesis de que ‘los genes con función similar tienden a co-expresarse’.

Los archivos para este ejercicio son el cluster de genes coexpresados ‘sporulation_clu42.txt‘ y el resto de genes en el experimento ‘sporulation_all_but_clu42.txt‘ de Saccharomyces cerevisiae. Guarde ambos archivos en su máquina local y súbalos a Babelomics (Upload) escogiendo el tipo de datos ID list -> Id

Lance un nuevo trabajo Functional -> Single enrichment -> FatiGO:

  • Elija la opción Id List vs. Id List
  • Elija como List1 el grupo de genes co-expresados y como List2 el resto de genes del experimento
  • En Options deje las opciones por defecto
  • En Select an organism elija Saccharomyces cerevisiae
  • En la sección de bases de datos marque GO – biological process y GO – Cellular Component
  • Ponga un nombre al trabajo (por ejemplo, sporulationFatiGO)
  • Envie el trabajo al servidor (Launch job)

En la salida podremos ver que varios términos relacionados con la meiosis y con los cromosomas están significativamente sobre-representados en el cluster de genes co-expresados:

Network:

Repita el ejercicio con GOrilla y vea la salida gráfica (DAG):

Sporulation_yeast

 

Clases (Parte I: Computacional)

Horario
10-12h
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Aulas
OS1: 17, 19, 20, 26, 27 de febrero; 4 de marzo

O21: 18, 21 de febrero; 2 de marzo

O3: 3 de marzo

Laboratorio de Genética Molecular: 24, 25 de febrero

Examen:

5 de marzo en el aula O21/22