Duración: 1,5 horas

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Las respuestas se dan en un fichero (txt, word o PDF) que se mandará a  al finalizar la prueba poniendo ‘prueba Genómica Funcional’ en el asunto. Si procede, mandar también las hojas de cálculo. 

Tanto el nombre del fichero como el fichero como tal deberían indicar el nombre del alumno.

IMPORTANTE: ¡Razonar brevemente todas las respuestas!

Trazar las soluciones mediante capturas de pantalla.

1) (6 puntos)Tenemos la siguiente secuencia  anónima extraída de un individuo que padece cáncer. Se sospecha que se puede tratar de un microRNA maduro conocido

• (3 puntos) ¿De qué microRNA se trata? (Indicar el nombre del microRNA maduro y del precursor)
• (3 puntos) ¿El microRNA podría estar implicado en la aparición del cáncer? (razonar)

2) (8 puntos) Analizaremos el microRNA miR-10400 en la especie Homo sapiens 

Reportar según la entrada en la base de datos miRBase:

• (2 puntos) Los nombres de los microRNAs maduros 
• (3 puntos) El brazo funcional (Razonar brevemente) 
• (3 puntos) ¿Podría tratarse de una entrada en la base de datos miRBase que en realidad no corresponde a un microRNA (un falso positivo)? (razonar brevemente)

3) ¿Cuál de las siguientes secuencias puede corresponder a un pre-miR? Razonar brevemente (4 puntos).

>miR_cand1
AGUGCGUCUGGCGGCGGCGCAUCCUCUCCAUGGCCCUGUCGCUCCCUCUCGCACUCU
>miR_cand2
GCAGAGUGCGUCUGGCGGCGGCGCAUCCUCUCCAUGGCCCUGUCGCUCCCUCUCGCACUCU
>miR_cand3
AGUGCGUCUGGCACGAACGCAUCCUCUCCAUGGCCCUGUCGCUCCGUCUCACACACU

4) Tenemos las secuencias precursoras (hairpin) de un microRNA (miRNA) en 5 especies diferentes. Determinar a partir de un alineamiento múltiple: (6 puntos)

• El brazo funcional más probable (3 puntos)
• La posición de la secuencia madura funcional (marcar dentro de alineamiento múltiple) (3 puntos) (Razonar)

5) Tenemos un gen con 3 isoformas. El siguiente fichero contiene las 3’UTR de estas isoformas que se expresan preferentemente en el hígado, cerebro y músculo, respectivamente. Tenemos también el siguiente microRNA que se expresa preferentemente en el cerebro (8 puntos).

• Determinar las 3’UTR para las que este microRNA tiene dianas (4 puntos)
• ¿Qué función podría tener este microRNA? (4 puntos)

Razonar brevemente.

6) Tenemos la siguiente matrix de expresión que contiene el número de lecturas para 10 microRNAs. (8 puntos)

• (4 puntos) Calcular los valores de expresión RPM para las 6 muestras (S1-S6) suponiendo que solamente se han detectado estos 10 microRNAs
• (4 puntos) Las muestras provienen de dos condiciones diferentes (grupo1 y grupo2). Asignar cada muestra a uno de los dos grupos. Razonar brevemente.