Duración: 1,5 horas

Medios: Podemos usar todo MENOS al vecino, el móvil, programas de chateo u otras formas de comunicar con terceros

Las respuestas se dan en un fichero (txt, word o PDF) que se mandará a  al finalizar la prueba poniendo ‘prueba Genómica Funcional’ en el asunto. Si procede, mandar también las hojas de cálculo. 

Tanto el nombre del fichero como el fichero como tal deberían indicar el nombre del alumno.

IMPORTANTE: ¡Razonar brevemente todas las respuestas!

Trazar las soluciones mediante capturas de pantalla.

1) (7 puntos) Analizaremos el microRNA hsa-mir-10401

• (4 puntos) Reportar los nombres y las secuencias de los microRNAs  maduros anotados en la base de datos miRBase
• (3 puntos) Discutir si se puede tratar de un microRNA real o de un falso positivo (entrada errónea en la base de datos)

2) (7 puntos)Tenemos la siguiente secuencia  anónima extraída de un individuo que padece cáncer. Se sospecha que se puede tratar de un microRNA maduro conocido

• (4 puntos) ¿De qué microRNA se trata? (Indicar el nombre del microRNA maduro y del precursor)
• (3 puntos) ¿El microRNA podría estar implicado en la aparición del cáncer? (razonar)

 3) (5 puntos) Tenemos la siguiente secuencia precursora:

UGUCGGGUCGCUUGUCAGACUAAUGUUGACUGUUGAAUCUCAUGGCAACACUAGUCGACGGGCGGUCUGACA

y la secuencia del brazo 5′:

UCGCUUGUCAGACUAAUGUUGA

• Determinar la secuencia del brazo 3′:

4) ¿Cuál de las siguientes secuencias puede corresponder a un pre-miR? Razonar brevemente (5 puntos).

>miR_cand1
GCAGAGUGCGUCUGGCGGCGGCGCAUCCUCUCCAUGGCCCUGUCGCUCCCUCUCGCACUCU
>miR_cand2
AGUGCGUCUGGCACGAACGCAUCCUCUCCAUGGCCCUGUCGCUCCGUCUCACACACU
>miR_cand3
AGUGCGUCUGGCGGCGGCGCAUCCUCUCCAUGGCCCUGUCGCUCCCUCUCGCACUCU

5) Tenemos un gen con 3 isoformas. El siguiente fichero contiene las 3’UTR de estas isoformas que se expresan preferentemente en el hígado, cerebro y músculo, respectivamente. Tenemos también el siguiente microRNA que se expresa preferentemente en el cerebro (8 puntos).

• Determinar las 3’UTR para las que este microRNA tiene dianas (4 puntos)
• ¿Qué función podría tener este microRNA? (4 puntos)

Razonar brevemente.

6) Tenemos la siguiente matrix_24 de expresión que contiene el número de lecturas para 10 microRNAs. (8 puntos)

• (4 puntos) Calcular los valores de expresión RPM para las 6 muestras (S1-S6) suponiendo que solamente se han detectado estos 10 microRNAs
• (4 puntos) Las muestras provienen de dos condiciones diferentes (grupo1 y grupo2). Asignar cada muestra a uno de los dos grupos. Razonar brevemente.