Duración: 1,5 horas
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Las respuestas se dan en un fichero (txt, word o PDF) que se mandará a al finalizar la prueba poniendo ‘prueba Genómica Funcional’ en el asunto. Si procede, mandar también las hojas de cálculo.
Tanto el nombre del fichero como el fichero como tal deberían indicar el nombre del alumno.
IMPORTANTE: ¡Razonar brevemente todas las respuestas!
Trazar las soluciones mediante capturas de pantalla.
1) (5 puntos) Tenemos la siguiente entrada en la base de datos miRBase: MI0040633
Discutir si se puede tratar de un verdadero microRNA o un falso positivo.
2) (8 puntos) Tenemos este fichero multifasta que contiene las secuencias precursoras (hairpin) del microRNA x1 en 5 especies diferentes.
- Determinar el brazo funcional
- Indicar la posición (marcando la posición en una captura de pantalla o mediante coordenadas) más probable del microRNA funcional dentro de la secuencia humana
3) (7 puntos). Tenemos la siguiente secuencia precursora (hairpin) de un microRNA:
CACAUCUUACCGGGCAGCAUUAGAUCCUUUUUAUAACUCUAAUACUGUCAGGUAAAGAUGUCGUCC
y su brazo 5′
CAUCUUACCGGGCAGCAUUAGA
- Determinar la estructura secundaria de la secuencia precursora. Indicar la energía libre y número de enlaces
- Determinar el número de enlaces en la región semilla
- Averiguar la secuencia del brazo 3′
4) (12 puntos) Se ha secuenciado un total de 7 muestras de la garrapata Ixodes scapularis de dos tejidos diferentes, 4 del tejido_1 y 3 del tejido_2. Hemos obtenido la siguiente matriz que contiene el número total de lecturas asignadas a cada microRNA en las diferentes muestras.
- (4 puntos) Normalizar los valores de la matriz (RPM, lecturas por million)
- (2 puntos) ¿Existen muestras con un perfíl de expresión muy diferente, es decir que podrían haber sufrido algún tipo de problema (extracción de muestra, generación de librería, secuenciación, etc)?
- (2 puntos ) Agrupar las muestras y cuando es posible asignar cada una a un tejido
- (4 puntos) Calcular los foldchanges (FC, magnitud de cambio) entre las muestras S1+S4 y S2 + S3. ¿Cuantos microRNAs cambian sus niveles de expresión al menos un factor 4 entre S1+S4 y S2+S3?
5) (8 puntos) Tenemos un gen con 3 isoformas. El siguiente fichero contiene las 3’UTR de estas isoformas que se expresan preferentemente en el hígado, cerebro y músculo, respectivamente. Tenemos también el siguiente microRNA que se expresa preferentemente en el cerebro. Mediante RNAhybrid se han obtenido las posibles uniones entre el microRNA y las 3’UTRs (resultado).
- Determinar las 3’UTR para las que este microRNA tiene dianas (4 puntos)
- ¿Qué función podría tener este microRNA? (4 puntos)
Razonar brevemente.