Bases de datos
La base de datos de referencia se llama miRBase. Podemos descargar todas las secuencias de los microRNA, buscar información acerca de uno en concreto o en función de la especie.
Una base de datos mas depurada y limitada a animales es MirGeneDB.
Cuestiones:
- Los nombres de las secuencias maduras del microRNA asignado
- Los nombres en la base de datos MirGeneDB
- Secuencias del pre-microRNA y de los microRNAs maduros
- Confirmar que la secuencias son las mismas en MirGeneDB
- ¿Cual de los microRNAs maduros es el funcional (5p o 3p)?
- ¿Cual es el nodo de origen del miRNA asignado?
El microRNA en el contexto genómico (hsa-mir-125a)
Hay dos posibilidades de determinar las coordenadas de un microRNA:
- En la base de datos miRBase podemos obtener las coordenadas cromosómicas
- Podemos usar BLAT para ubicar la secuencia en el genoma humano
Mediante el GenomeBrowser podemos analizar el gen de microRNA en su contexto genómico
Cuestiones:
- Las coordenadas cromosómicas del pre-microRNA
- Co-localización con los genes (intrónico/inter-génico)
- Formación de un cluster con otros microRNAs
- ¿El pre-microRNA solapa con algún elemento genómico o una variación de secuencia anotada (SNPs)?
- Determinar la posición relativa de los SNPs dentro del pre-microRNA y si procede dentro del microRNA maduro
Diferencias entre la base de datos miRBase y MirGeneDB
- Buscar el microRNA asignado en MirGeneDB
- Discutir esta entrada
- Buscar una entrada posiblemente falsa en miRBase