Estructura secundaria
Usaremos el programa RNAfold para calcular la estructura secundaria del pre-microRNA. Mediante shuffleseq (o shuffle_dna) podemos aleatorizar la secuencia del pre-microRNA comparando las propiedades principales entre pre-microRNA y la secuencia aleatoria.
Cuestiones:
- Longitud del pre-microRNA
- Longitud del bucle (loop)
- La energía de enlace
- El número de enlaces en la región semilla y el microRNA maduro