Detectar los perfiles de expresión y expresión diferencial

Para detectar los perfiles de expresión de los microRNAs y la posible expresión diferencial usaremos el programa sRNAbench

Usaremos datos de miRNAs de la especie Ixodes ricinus (descripción). Estos datos se han procesado mediante el kit de Illumina, y los nombres de los microRNAs empiezan con ‘iri’

• Cada estudiante escoge una muestra (SRR) del estudio
• En la aplicación sRNAbench, introducimos los parámetros (Illumina, microRNA=iri) y lanzamos el trabajo

Cuestiones:

• ¿Cuál es el microRNA más frecuente en la muestra?
• ¿ Cuántos microRNAs tienen al menos un nivel de expresión (RPM) por encima de 100?

Mediante el programa sRNAde podemos calcular la expresión diferencial. Para ello necesitamos a todas las IDs de los trabajos para definir los grupos (para ello necesitaremos esta hoja de calculo). Para determinar expresión diferencial:

• foldchange: log2 (RPM1/RPM2)
• valor p mediante la t-test

Cuestiones:

• ¿Cuantos microRNAs se expresan diferencialmente entre el tubo digestivo y las glándulas salivales?
• ¿Cual son los 10 microRNAs más frecuentes en saliva?
• ¿Cuantos microRNAs están al menos 4 veces más frecuentes en saliva comparado con las glándulas salivales?
• ¿De los 10 microRNAs mas específicos en saliva, cuantos solamente están en protostomados? (Hint: blast en miRBase, microRNAs maduros (I. ricinus))

Mediante el programa Heatmapper podemos hacer un clustering jerárquico: heatmapper

Cuestiones:

• Explorar los cambios usando solamente los microRNAs más expresados y los microRNAs con mayor coeficiente de variación
• Explorar los cambios usando el logaritmo del valor de expresión RPM