Antonio Rueda, Bioinformático, Plataforma Andaluza de Genómica y Bioinformática

Diseño experimental y controles de calidad: Conceptos básicos

Presentación: Introducción a NGS

La secuenciación masiva  (Next Generation Sequencing o NGS) se basa en la fragmentación, amplificación y lectura de los millones de fragmentos obtenidos de forma paralela. Analizaremos algunos de los conceptos necesarios para analizar este tipo de datos:

• Calidad de la secuenciación
• Cobertura
• Uniformidad de la cobertura
• Mapeo
• Detección de variantes y genotipado (Variant and genotype calling)

Problemas asociados a la técnica

Analizaremos algunos de los problemas que tiene la tecnología y como se resuelven o deben considerarse al analizar los datos:

• Errores en la preparación de las muestras
• Errores internos del secuenciador
• Secuenciación de muestras diploides o poliploides
• Errores en el proceso de análisis

Análisis de datos de NGS

En este punto examinaremos los flujos de trabajo o workflows para el análisis de datos NGS.  (Aunque veremos un esquema muy simplificado, el proceso es mucho más complejo:  Lectura)

Diseño experimental

La secuenciación masiva ofrece distintas posibilidades para realizar nuestros experimentos, analizaremos las más importantes y destacaremos los parámetros a tener en cuenta.

• Secuenciación de genomas
• Secuenciación de exomas y capturas dirigidas
• RNA-seq y miRNA-seq
• Chip-seq
• Methyl-seq