Control de calidad: Datos primarios (raw data)
- Número de lecturas cortas de entrada
- Calidad de las lecturas cortas
- Sesgos
- Software: FastQC
- Lectura: Revisión la descripción en detalle del report de FastQC
Control de calidad: Datos de mapa (mapping data)
- Cobertura
- Uniformidad de la cobertura
- Número de lecturas mapeadas
- Lecturas duplicadas
- Sesgos
- Software: QualiMap
Control de calidad: Captura de datos (capture data)
- Especificidad
- Sensibilidad
- Uniformidad
- Sesgos
- Software: NGScat