En este primer ejercicio, obtendremos el número de genes (RefSeq) en cada banda cromosómica del genoma humano.
Abra una nueva historia en “The Genomic HyperBrowser” y pinche en Statistical analysis of tracks >> Analyze genome tracks:
Como primera pista (First Track) seleccione hg19 >> Genes and gene subsets >> Genes >> Refseq:
Seleccione — No track (single track analysis) — en el cuadro de texto para la segunda pista (puesto que sólo analizaremos una pista en este ejercicio).
En Analysis seleccione “Counts” en el cuadro de texto para ‘descriptive statistics’. Aparecerá una representacón textual del análisis seleccionado: The number of ‘Refseq (Genes)’.
En el cuadro Region and scale seleccione Compare in: Cytobands, y en Which: deje la opción por defecto *, para analizar así todas las bandas cromosómicas:
Pinche en “Start analysis”. Aparecerá un nuevo elemento en su historia:
Pinche el icono “ojo” cuando acabe el proceso:
Puede ver que hay un total de 20010 genes Refseq en el genoma humano. En este caso, si dos genes solapan, porque sean variantes de splicing por ejemplo, se cuentan como uno solo.
Pinche en “Html” bajo “Local analysis” y “Table: values per bin”. Aparecerá una tabla con el número de genes en cada banda cromosómica:
Pinchando en el cabecero ‘Counts’ puede ordenar la tabla, y ver por ejemplo cual es la banda con mayor número de genes, o bien qué bandas no tienen ningún gen.
Vuelva a la página anterior (utilizando el botón correspondiente de su navegador) y pinche ahora en “Figure” bajo “Local analysis” y “Plot: values per bin”. Aparecerá un archivo PDF, bien dentro del navegador o bien para descargar, dependiendo de la configuración de su ordenador:
En el eje horizontal se muestra la posición en el cromosoma, desde el principio hasta el final. Cada caja o escalón corresponde a una banda cromosómica, con su correspondiente posición y longitud. La altura corresponde al número de genes en cada banda cromosómica. Fíjese que se genera una figura como esta para cada cromosoma.
Ejercicios
- Repita el análisis, pero determine ahora el número de genes por cromosoma (en el campo ‘Region and scale’ seleccione ‘Chromosomes’. ¿Cual es el cromosoma con un mayor número de genes? ¿Y el que tiene menos genes?
- Repita estos análisis con los exones.