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Proporción del genoma ocupada por genes

Cree una nueva historia con el nombre Cobertura génica y comencemos el análisis. Pinche en Statistical analysis of tracks >> Analyze genome tracks:

Seleccione las opciones que se muestran en la siguiente figura:

En el apartado Analysis seleccione la categoría Descriptive statistics >> Proportional coverage:

La última cosa que tenemos que especificar es donde, y a qué escala, deseamos realizar el análisis. En este caso, realizaremos el análisis sobre todas las bandas cromosómicas que hay en el genoma:

Pinche sobre Start analysis y cuando acabe el proceso sobre el icono de ojo:

Así pues, según la base de datos RefSeq, el 39.37% del genoma humano está cubierto por los genes. La puntuación “assembly gap coverage” es la proporción de pares de bases no secuenciadas en el ensamblado genómico que estamos utilizando. La mayoría de estas ‘islas de Ns’ corresponden a centrómeros o a regiones heterocromáticas. En este caso, las regiones no secuenciadas suponen un poco más del 7% del genoma.

Pinche en “html” en la columna “Table: values per bin”. La tabla que aparece ahora muestra los resultados locales en cada banda cromosómica:

La tabla se puede ordenar pinchando sobre el encabezado de cada columna.

Fíjese que en algunas bandas cromosómicas la “assembly gap coverage” es 1, o 100%. Probablemente corresponden a regiones centroméricas:

Si pincha en Plot values per bin >> Figure obtendrá la distribución de la cobertura génica a lo largo de los cromosomas:

Ejercicios

  1. ¿Que proporción del genoma está ocupada por los exones? ¿Y por los intrones?
  2. ¿Que proporción del genoma está ocupada por genes relacionados con la apoptosis? Para responder a esta cuestión analice la siguiente pista:

apoptosis coverage

Clases (Parte I: Computacional)

Horario
10-12h
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Aulas
OS1: 17, 19, 20, 26, 27 de febrero; 4 de marzo

O21: 18, 21 de febrero; 2 de marzo

O3: 3 de marzo

Laboratorio de Genética Molecular: 24, 25 de febrero

Examen:

5 de marzo en el aula O21/22