Generalidades

Duración: 2 horas

Medios: Todo MENOS el contacto con terceros mediante móvil, programas de chateo u otras formas de comunicación

Las respuestas se darán en un fichero de texto (por ejemplo Word o PDF) que se mandará a se.rg1714484585u.og@1714484585grebn1714484585ekcah1714484585 al finalizar la prueba poniendo ‘prueba bioinformática’ en el asunto. Nombrar el fichero de texto usando nombre/apellidos.

1) (10 puntos) Dadas estas dos secuencias genómicas: secuencia 1 y secuencia 2.

Determinar cuál de estas secuencias pertenece a un mamífero y cual a un organismo invertebrado.

2) (5 puntos) La siguiente secuencia cromosómica puede ser de Mus musculus (Ratón), Rattus norvegicus o de Cavia Porcellus (Guinea pig, cobaya)

• Determinar la especie y las coordenadas cromosómicas. 

3) (12 puntos) Se ha obtenido la secuencia de un transcrito NM_000321.3 del gen RB1 que posiblemente presente mutaciones.

• (4 puntos) Determinar la longitud del mRNA y de su CDS según la entrada en base de datos
• (4  puntos) Determinar el número de mutaciones comparado con la secuencia de referencia
• (4 puntos) Averiguar el posible impacto en la secuencia proteica de estas mutaciones

4) (14 puntos) Hemos obtenido la secuencia de un transcrito y una secuencia genómica que contiene a este transcrito.

• (4 puntos) Determinar el gen y nombre del transcrito
• (3 puntos) Determinar si el transcrito coincide exactamente con la entrada de la base de datos
• (3 puntos) Determinar el número de exones 
• (4 puntos) Determinar la coordenada de inicio del primer intrón en la secuencia genómica y en el transcrito

5) (9 puntos) Determinar el uso de codones del genoma del virus SARS-CoV-2 

• Cuantas regiones codificantes hay
• Determinar el contenido en G+C en función de la posición en el codón
• ¿Existe sesgo en el uso de codones? Razonar brevemente

Extra:

La cascada de señalización RAS/RAF/ERK es una de las rutas de señalización más
conservadas en todos los organismos. Esta ruta es parte de la señalización molecular de las
MAP cinasas, ruta que regula múltiples procesos celulares como la proliferación, la
diferenciación y la progresión del ciclo celular en respuesta a diferentes señales
extracelulares. Uno de los genes aguas abajo de esta ruta de señalización es el MAPK3 o
ERK-1, gen cuya función se encuentra ampliamente conservada. En un estudio de pez cebra
(D. renio) se pretende determinar el grado de similitud de secuencia de este gen con
humanos para lo que se ha clonado el RNA mensajero del gen ERK1/2 de D. renio
(mRNA_zf). La isoforma canonica en humanos de este gen es la NM_00276.3
(identificador de RefSeq).

1. Determinar el grado de similitud de secuencia entre los mensajeros del pez cebra y humano?
2. La isoforma NM_00276.3 de humano tiene 9 exones. Determinar
   cuáles y cuántos exones humanos se encuentran total o parcialmente conservados
   en el mensajero clonado del pez cebra