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Trabajos personales

1. Análisis en genoma completo mediante Galaxy

Objetivo: Determinar los contenedores con mayor contenido de algún elemento genómico.
Método: Elabore un historia en Galaxy que permita alcanzar dicho objetivo.
Debe utilizar un contenedor y un contenido DIFERENTES a los que usamos en clase. Ejemplos:

Contenedores: genes, bandas cromosómicas, etc.
Contenido: Diferentes familias de SINEs, LINEs, islas CpG, etc

De la misma manera, elija una especie o un cromosoma DIFERENTES a los que usamos en clase.
Comparta la historia enviando el enlace correspondiente al Prof. José L. Oliver. En el asunto del correo ponga ‘Bioinformatica’.

Fecha límite de entrega: miércoles 26 de febrero



2. Predicción de genes en procariotas (20 puntos)

Objetivo: Determinar la bondad de la predicción de genes en una especie procariota

Cada estudiante ha de elegir una especie procariota realizando las siguientes tareas:

  1. Hacer una predicción de genes
  2. Determinar la calidad de la predicción
  3. Escribir un breve report que debe incluir:
    • información básica sobre la especie elegida
    • tamaño del genoma, %G+C, número de genes en la anotación, longitud media de las regiones codificantes
    • calidad de la predicción (Sensibilidad y Especificidad)

Preparando el report usando solamente una hebra (como demostrado en clase) dará un máximo de 19 puntos. Un punto adicional se puede obtener calculando la bondad en las dos hebras.

El report y las hojas de calculo (o la ‘historia’ de Galaxy) se envían a

Fecha límite de entrega: miércoles 26 de febrero. 

A petición de los estudiantes se ha extendido la fecha de entrega al 5 de marzo.

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Fecha de entrega del trabajo personal extendido al 5 de marzo

Comienzo de las clases: 4 de febrero, 12h

Aula-Inf O01 (Decanato)

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Para un mayor aprovechamiento de la asignatura, se recomienda acudir a clase con ordenador portatil o tableta.