La técnica básica para hacer un alineamiento de secuencias (tanto de ADN como de proteínas) es la matriz de puntos. Ello permite hacer un alineamiento global (a todo lo largo de las secuencias que se comparan).
Matriz de puntos
Datos de ejemplo
Human beta-actin related pseudogene h-beta-ac-psi-2 5'end
CTACAGTGAGCCGAGGTCATGCCATTGCACTCCAATCTGGGCGACAAGA
GTGAAACTCCGTCAAAAGAAAGAAAGAAAGAGACAAAGAGAGTTAGAAA
GAAAGAAAGAGAGAGAGAGAGAAAGGAAGGAAGGAAGAAAAAGAAAGAA
AAAGAAAGAAAGAGAAAGAAAGAAAGAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGA
AAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAG
AAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGGAAGGAAAGAAAG
AGCAAGTTACTATAGCGGTAGGGGAGATGTTGTAGAAATATATATAAAC
CTCCTTACACCGCGGAGACCGCGTCAGCCCAGCGAGCACAGAACCTTGT
CCTTGCCGCTGCGCCTTGCGTCCGCACCCGCCGCCAGCTCACCATGGAT
GATGCTATCACCGCGCTCGTCGTCGTCGACAACTGCTCCAGCATGCGCA
AGGCTCCCCAGGCCGTCTTCCCCTCCATTGTGGGGCACCCTAGGCACCA
GGGAGTGATGGTGGGCATGGGTCAGAAGGACTCCTATGTGGGCAAGGAG
GCCCAGAGCAAGAGAGGCATCCTGACTCTGAAGTACCCCATCAAGCATG
GCAACGTCACGAACTGGGACAACATGGAGAAGATCTGGCACCACACCTA
CAACGAGGTGCGTGTGACTGCTGAGGAGCACCCCGTGCTGCTGACTGAG
GCCCCCCTGAACCCCAAGCTCAACCATGAGAAGACGACCCAGTTCATCA
TGTTTGAGACCTTCAACACCCCAGCCATGGATGTGGCCATCCAGGCCGT
GCTGTCCCTGTATGCCTCTGGAGGTACCACTGGCATCGTGATGCACCCC
GGTGACAGGGTCACCCACACTCTGTCCATCTAGGAGGGGTACGCCCTCC
CCACGCCATCCTGCGTCTGGACCTGGCTGGCGGGGACCTGACTAACTAC
CTCAAGAAGACCCTCACCCAGCACAGCTACAGCTTCACCACCACGCTGA
GCAGGAAATCATGTGTGACATCAAGGAGAAGCTGTGCTACGTCGCCCTG
GAATTCGAGCAGGAGATGGCCTCGGCGGCCTCCAGCTCCTCCCTGGAGA
AGAGCTATGAGCTGCCAGATGACCAGGTCATCACCATCGACAATGAGCG
GTTCCGCTGCCCCGAGGCACTCTTCCAGCCTTCCTTTCTGGGCATGGAA
TCCTGTGGCATCCATGACACTACCTTCAACTCCATTATGAAGTGTGACG
TGGACAACCACAAAGACCTGTACGCCAACACAGTGCTGTCTGGCGGCAC
CAACATGTACCCTGGCATCACAGACAGGATGCAGAAGGAGATCACCACC
CTGGCGCCCAGCACGATGAAGATCAAGATCATTGCTCCTCCCCAGTGCA
AGCGCTCCGTGTGGATTGGCTACTCCATCCTGGCCTCCACGTCCACCTT
CCAGCAGATGTGGATCAGCAAGCAGGAGTAGGACGAGTCCGGCCCCTCC
ATCGTCCACCACAAATGCTTCTAGGCTGACTGTGACTTAGTTGCATTAC
ACCCTTTCTTGACAAAACCTAACTTGCACAGAAAACACGATGAGATTGG
CATGGCTTTATTTGTTTTTGTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGGCTTG
Alineamiento global
Mediante un alineamiento global las secuencias se alinean en su totalidad, de principio a fin. El algoritmo básico para ello es el de Needleman-Wunsch.
