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examen 24

Generalidades:

Duración: 2 horas

Medios: Todos, MENOS el contacto con terceros mediante móvil, programas de chateo u otras formas de comunicación.

Las respuestas se darán en un fichero de texto (por ejemplo Word o PDF) que se mandará a se.rg1721768904u.og@1721768904grebn1721768904ekcah1721768904  al finalizar la prueba poniendo ‘prueba bioinformática’ en el asunto. Nombrar el fichero de texto usando nombre/apellidos.

Razonar todas las respuestas. Indicar donde aplica los comandos o programas usados. Usar capturas de pantalla.

En el servidor de docencia (alu.ugr.es – puerto 2212) se ha generado una carpeta /home/biocomp/examen24

1) (1 punto) Crear una carpeta dentro de la carpeta ‘/home/biocomp/examen24’ que tenga como nombre el primer apellido y nombre del estudiante. Incluir dentro un fichero de texto llamado ‘Asistencia.txt’ que contenga la frase ‘He asistido al examen de Bioinformática’ y el nombre completo del estudiante.

2) (6 puntos) Tenemos las siguientes coordenadas chr7:155,578,880-155,618,908 que se refieren al ensamblado hg19 de humano

  • (3 puntos) Descargar la secuencia correspondiente y depositarla dentro del la carpeta del estudiante (/home/biocomp/examen24/nombre/secuencia.txt)
  • (3 puntos) Determinar la longitud y el G+C de la secuencia

3) (8 puntos) La siguiente secuencia corresponde a una AluYa8, un retrotransposon jóven que puede tener un alto número de copias en el genoma humano.

  • (3 puntos) Determinar el número de copias exactas en el genóma humano

Hay exactamente una posición en el genoma del ratón con una similitud >= 90% y un score >= 80

  • Indicar las coordenadas (3 puntos) y el nombre del elemento genómico anotado en la posición (2 puntos)

4) (14 puntos) Tenemos la siguiente accession NM_001362494.1 de un transcrito codificante

  • (4 puntos) Determinar la especie y el nombre del gen
  • (4 puntos) Determinar el número de exones y la longitud de la región codificante
  • El gen tiene asociado un transcrito no-codificante NR_155755.1
    • (3 puntos) Comparar las secuencias NR_155755.1 y NM_001362494.1 y cuantificar las diferencias
    • (3 puntos) ¿Por que NR_155755.1 está anotado como un transcrito no-codificante?

5) (6 puntos) Cientificos han extraido el siguiente transcrito de una muestra de tejido humano. 

Determinar si se puede tratar de un transcrito codificante

6) (9) Tenemos un fichero multi-fasta en la ubicación /home/biocomp/examen24/mirna.fa

  • (3 puntos) Determinar el número de secuencias
  • (3 puntos) Determinar el número de secuencias que contienen la subsecuencia ‘TGTG’
  • (3) Generar un fichero con las letras ‘T’ sustituidas por ‘U’ empleando una herramienta disponible en linea de comando (Linux). Indicar el comando y el nombre del fichero nuevo. 

7) (6 puntos) El fichero ‘/home/biocomp/examen24/beta-gal.fa’ contiene la secuencia del gen beta-galactosidasa. La base de datos ‘/home/biocomp/examen24/db/all’ contiene diferentes ensamblados de Staphylococcus aureus. 

¿En cuantos ensamblados podemos encontrar el gen con el 100% de su longitud alineado y con una similitud de secuencia >= 99%?