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Análisis en genoma completo mediante Galaxy

Galaxy es una plataforma web de software libre para el análisis de datos en investigación biomédica.

Galaxy wiki.

Implementaciones de Galaxy

Existen muchas implementaciones de Galaxy, usaremos las dos siguientes:

En esta práctica veremos los siguientes aspectos de Galaxy:

  • Extracción de datos desde el servidor de la UCSC
  • Manipulación básica de datos
  • Las ‘Historias’ en Galaxy

Puede ver un vídeo con las explicaciones paso a paso aqui.

Suponga que nos planteamos la siguiente pregunta:

¿Cuales son los 5 exones con un mayor número de SNPs en el cromosoma 22?

Probablemte conozcamos donde encontrar los datos necesarios para responder a esta cuestión: UCSC, Ensembl… Pero nos falta una herramienta para responder con precisión. Galaxy puede ser la herramienta adecuada.

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Fecha de entrega del trabajo personal extendido al 5 de marzo

Comienzo de las clases: 4 de febrero, 12h

Aula-Inf O01 (Decanato)

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Para un mayor aprovechamiento de la asignatura, se recomienda acudir a clase con ordenador portatil o tableta.