Los alineamientos múltiples son una valiosa herramienta para estudiar familias de proteínas y sus regiones conservadas. Sin embargo, existen múltiples métodos que pueden arrojar resultados diferentes y en la medida de lo posible estos deben ser contrastados y evaluados con toda la información previa que se conozca.
Ejercicio
En la amplia familia de las globinas se conocen 3 aminoácidos altamente conservados debido a su implicación en la estructura y la funcionalidad de dichas proteínas (regulando el enlace hemo), que son una fenilalanina y dos histidinas que se encuentran respectivamente en las posiciones 43, 64 y 93 de la beta-globina humana.
- Localiza en la base de datos del NCBI las siguientes secuencias aminoacídicas: AAA16334.1, CAA25109.1, NP_067080.1, NP_001235928.1 y NP_001389049.1.
- Identifica su identidad mediante la información contenida en la base de datos.
- Descarga sus secuencias aminoacídicas y genera un fichero multifasta con ellas.
- Realiza un alineamiento múltiple de las mismas mediante los programas: ClustalW, MUSCLE, T-Coffee y ClustalO.
- En función de la información proporcionada evalúe los resultados obtenidos por cada programa. ¿Mejora ClustalO los resultados de ClustalW en este caso? ¿Podríamos determinar cuál es el alineamiento más óptimo?