Home » Otros enlaces » Contenidos

Contenidos

  1. Introducción. Conceptos básicos.
  2. Bases de datos de secuencias. Secuencias de ADN. Codificación de la información en secuencias de DNA. Secuencias de proteínas. Genomas completos
  3. Navegadores genómicos. UCSC Genome Browser. Ensembl Genome Browser.
  4. Rastreo de bases de datos. FASTA y BLAST. BLAT.
  5. Análisis de secuencias. El paquete de software EMBOSS. Análisis básico.
  6. Análisis composicional. Uso de codones. Aleatorización de secuencias. Mapas de restricción.
  7. Comparación de secuencias. Matriz de puntos. Alineamiento global. Alineamiento múltiple.
  8. Biocomputación mediante la plataforma Galaxy. Extracción de datos de UCSC. Análisis en genoma completo.
  9. Predicción de función biológica. Predicción de ORFs. Genes procarióticos. Genes eucarióticos. Predicción de islas CpG: cpgreport. cpgplot. CpGcluster. NGSmethDB.
  10. Análisis de datos de secuenciación masiva (NGS). El formato FASTQ. Preprocesado de reads: FastQC. Mapas: Single- and paired-ends reads.
  11. Detección de niveles de metilación. Secuenciación del ADN tratado con bisulfito. Cálculo los niveles de metilación de islas CpG, promotores y cuerpo génico.
  12. Análisis funcional. Ontologías: Gene Ontology. Babelomics. Diferencias en términos GO. Diferencias entre dos listas de genes. El interactoma.

Anuncios

Horario: L, X y V: 12-14h

Calendario: 21 de octubre al 27 de noviembre, 2019

Aula: OS1 (Sótano de matemáticas)


Comienzo de las clases: lunes 21 de octubre, 12h.


Para un mayor aprovechamiento de la asignatura, se recomienda acudir a clase con ordenador portatil o tableta.