La técnica básica para hacer un alineamiento de secuencias (tanto de ADN como de proteínas) es la matriz de puntos. Ello permite hacer un alineamiento global (a todo lo largo de las secuencias que se comparan).

Matriz de puntos

DotMatrix

Alineamiento global

Mediante un alineamiento global las secuencias se alinean en su totalidad, de principio a fin. El algoritmo básico para ello es el de Needleman-Wunsch.

Ejercicios

  1. Compara mediante una matriz de puntos el mRNA y la secuencia completa del gen humano de la B-Actina. ¿Qué observamos en la matriz de puntos? ¿Cómo se explica?
  2. Compara el mRNA humano de la B-Actina con el mRNA de Xenopus. ¿Podemos decir que la secuencia mensaje de la B-actina se encuentra conservada entre estas especies?