Galaxy es una plataforma web de software libre para el análisis de datos en investigación biomédica.
Implementaciones de Galaxy
Existen muchas implementaciones de Galaxy, usaremos las dos siguientes:
- Galaxy original, Texas Advanced Computing Center
- Galaxy Europe
- Andromeda, Netherlands Bioinformatics Centre
Aqui veremos los siguientes aspectos de Galaxy:
- Extracción de datos desde el servidor de la UCSC
- Manipulación básica de datos
- Las ‘Historias’ en Galaxy
Puede ver un vídeo con las explicaciones paso a paso aqui.
Suponga que nos planteamos la siguiente pregunta:
¿Cuales son los 5 exones con un mayor número de SNPs en el cromosoma 22?
Probablemte conozcamos donde encontrar los datos necesarios para responder a esta cuestión: UCSC, Ensembl… Pero nos falta una herramienta para responder con precisión. Galaxy puede ser la herramienta adecuada.