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Semana 3: 5-9 de febrero (aula M03)

 

Curso de bioinformática: https://abierta.ugr.es/ml_bioinformatica/

Fecha límite entrega trabajo personal: jueves 15 de febrero. 

Examen de incidencia (2023)

Generalidades

Duración: 2 horas

Medios: Todos, MENOS el contacto con terceros mediante móvil, programas de chateo u otras formas de comunicación.

Las respuestas se darán en un fichero de texto (por ejemplo Word o PDF) que se mandará a se.rg1714162875u.og@1714162875grebn1714162875ekcah1714162875 y se.rg1714162875u.og@1714162875nerut1714162875rabg1714162875  al finalizar la prueba poniendo ‘prueba bioinformática’ en el asunto. Nombrar el fichero de texto usando nombre/apellidos.

1. (9 puntos) Tenemos la siguiente secuencia codificante:

  1. (3 puntos) Verificar que se trata de una región codificante.
  2. (3 puntos) Determinar el G+C en primera posición de los codones.
  3. (3 puntos) Determinar la frecuencia relativa de los codones que codifican prolina.

2) (15 puntos) Tenemos dos transcritos del gen PTCH1: NR_149061.2 y NM_001354918.2 

  1. (4 puntos) Determinar la longitud y G+C de la región codificante del transcrito  NM_001354918.2.
  2. (3 puntos) ¿En cuántos exones podemos encontrar diferencias entre estos dos transcritos?
  3. (4 puntos) Existe una región en NM_001354918.2 que no está presente en NR_149061.2. Indicar las coordenadas de esta región.
  4. (4 puntos) ¿Qué impacto tiene la ausencia de esta región sobre una hipotética secuencia proteica?

3) (11 puntos) Tenemos la siguiente secuencia que en el genoma humano (hg38) está anotada como isla CpG

  • (5 puntos) Determinar si se trata de una isla CpG que cumple con los requisitos estrictos de Takai y Jones.
  • (3 puntos) Determinar si la secuencia está conservada en el genoma del  ratón (mm10). En caso afirmativo, indicar las coordenadas cromosómicas.
  • (3 puntos) La secuencia se encuentra en el genoma del orangutan (ponAbe3) en el cromosoma 1 con coordenadas de inicio  227179178 y final 227179686. Determinar los cambios evolutivos existentes entre la secuencia humana y la del orangutan.

4. (9 puntos) La siguiente secuencia corresponde al inicio del genoma Mycoplasma leachii 99/014/6 con ID (Accession) FR668087.1

  • (3 puntos) Determinar el número de marcos abiertos de lectura (ORF).
  • (3 puntos) ¿Qué ORFs corresponden al menos parcialmente a un gen conocido?
  • (3 puntos) ¿Qué ORFs coinciden completamente con una CDS conocida?

5. (6 puntos) Comparar las secuencias de la insulina (pre-proinsulina) a nivel de ADN (solamente la región codificante) y proteína entre humano (cds proteína) y el macaco (Macaca fascicularis, cds proteína)

  • (3 puntos) ¿En qué alineamiento (ADN o proteína) podemos observar más cambios evolutivos? ¿Por qué?
  • (3 puntos) La región entre las posiciones 251 y 300 pertenece a la cadena A, una región altamente conservada. ¿En qué posiciones se han producido los cambios evolutivos? Razonar brevemente.