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Exones con más SNPs (1)

Si aún no tiene cuenta, regístrese en Galaxy e inicie una nueva ‘Historia’. Personalice el nombre de esta historia, de forma que le sea fácil recordarla, pinchando sobre “Unnamed history” y tecleando el nuevo nombre.

Una vez hecho esto, siga los siguientes pasos.

Extracción de datos del servidor de la UCSC (table browser)

Obtención de los exones

Get Data -> UCSC Main“:

El panel central de Galaxy’s cambiará a este:

Asegúrese de elegir exactamente las opciones que se muestran en la imagen de arriba (en particular, position –> “chr22″, output format –> “BED – browser extensible data”, y “Galaxy” –> Send output to ). Cuando pinche en get outputobtendrá la siguiente pantalla:

Asegúrese de que en el bloque Create one BED record per elija “Coding Exons” y pinche en Send Query to Galaxy. Después de eso, le aparecerá un nuevo elemento en su Historia (panel derecho). Aparecerá primero en gris (en espera), luego en amarillo (en ejecución) y finalmente en verde:

Obtención de los SNPs

Get Data -> UCSC Main“:

pero cambie ahora group a “Variation”:

Obtendrá una pantalla parecida a esta (algunos campos pueden contener datos más actualizados que los que se muestran en la imagen):

Cuando pinche en get output obtendrá esto:

Asegúrese de seleccionar Whole Gene y pinche Send Query to Galaxy. Obtendrá un segundo item en su historia:

Pinchando en el icono de lápiz que hay a la derecha de cada item en la historia, renombre los dos items a “Exons” and “SNPs”:

Utilice el boton ‘Ojo’ (situado a la derecha de cada item) para examinar los listados de exones y de SNPs.

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Fecha de entrega del trabajo personal extendido al 5 de marzo

Comienzo de las clases: 4 de febrero, 12h

Aula-Inf O01 (Decanato)

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Para un mayor aprovechamiento de la asignatura, se recomienda acudir a clase con ordenador portatil o tableta.